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세무 자문집

정규직으로 전환된 근로자의 지급조서 및 연말정산

2005년 5월까지 계약직으로 근무한후 6월부터 정규직으로 재임용한 직원에 대하여 계약직으로 근무한 1월부터 5월까지 근무일수에 대하여 연말정산을 실시하여 환급세액이 발생, 이를 지급하였고 올 1월 연말정산에는 정규직으로 근무한 작년 6월부터 12월까지의 근로소득에 대하여 연말정산을 실시, 환급세액이 발생하여 지급하여 주었으며, 당사는 1월 원천세 신고시 해당 환급액을 포함한 당월발생 환급세액을 신고하였다.
금번 지급조서 제출시 상기 근로자의 원천징수 영수증 2부(계약직해당 1부, 정규직해당 1부) 확인시에 계약직해당 원천징수영수증과 정규직해당 원천징수영수증에 각각 본인공제 100만원과 소수공제자 추가공제 100만원을 공제하여 연말정산을 실시한 것을 발견하였는데 이 경우 중복공제에 해당하는 것인지?

상기와 같이
1. 지급조서 제출시 오류를 발견하였을 경우 어떠한 조치를 취해야 하는지와(일단 기 작성된 원천징수 영수증으로 그대로 신고하고 추후 5월말 수정신고를 하여도 세무상 불이익이 없는지)
2. 동일연도중에 계약직에서 정규직으로 전환된 근로자에 대한 연말정산 방법은?

1. 계약직 해당 원천징수 영수증과 정규직 해당 원천징수 영수증에 각각 본인공제 100만원과 소수공제자 추가공제 100만원을 공제하여 연말정산을 실시하였다면 중복공제에 해당한다.
지급조서 제출시에 연말정산에 오류가 있었음을 발견한 경우에는 계약직 해당 당시의 급여액과 정규직 직원 당시의 급여액을 합산하고 본인공제 100만원과 소수공제자 추가공제 100만원을 한번만 공제한 원천징수 영수증(지급조서)을 다시 작성하여 2월말까지 제출하면 될 것이다.(당초에 착오로 작성한 연말정산 원천징수 영수증은 제출하지 않으면 될 것이다.)
당초의 연말정산에 대한, 원천징수 이행상황 신고서의 수정신고서는 『원천징수 이행상황 신고서 작성요령』의 4번(수정신고서 작성 요령)을 참고하여 작성하면 된다.

2. 귀사와 같은 경우에 동일연도 중에 계약직에서 정규직으로 전환된 근로자에 대한 연말정산 방법은 급여액을 합산하고 본인공제 등 인적공제를 중복공제 하지 말고 한번만 공제하여 연말 정산을 실시하면 될 것이다.


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