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1977.7.1. 부가가치세법이 처음 시행될 적에 ‘일반과세자’에 대한 예외적인 성격의 ‘과세특례제도’를 둔 것은 나름대로 의미가 있었다. 왜냐하면 기업환경이 열악하고 또한 그 경영규모가 영세한 주로 소매업 부문의 ‘개인사업자’에 대한 특례조치를 두지 아니한다면, 지나친 조세불평등을 가져올 수 있기 때문이다.

사업자등록은 필요하지만 재화나 용역의 공급시에 그 매출액에 10% 상당액을 얹어받아야 하고 또한 그 공급거래에 관하여 정식의 세금계산서를 발급하여야 하는 의무를 강요받지 않는 ‘과세특례’의 해당 기준은 당초에 개인사업자로서 전년도 1년의 ‘공급대가’(부가가치세가 빠진 매출액 등 외형거래금액) 1천2백만원 미만이었다(대리 중개 주선 위탁매매 및 도급 등 수수료 수입인 경우에는 이하에서 모두 4분의 1 수준이다). 이는 월평균으로 1백만원에 해당하는 금액이었다. 이 기준을 그대로 유지하였다면, 지금쯤 제도가 정상화되었을 것이다.

위의 기준은 세제의 본질적 특성을 제대로 인식하지 못한 정부 당국자들과 대중적인 인기영합주의에 놀아나는 국회의원들의 합작으로 몇 번에 걸쳐 상향조정되었다. 즉 1979.2.13.부터는 2천4백만원으로 뛰었다. 1995.7.20.부터는 3천6백만원으로 높여졌다. 이것이 1년도 못되어 1996.1.1.부터는 다시 4천8백만원으로 높여졌다. 이 맨 나중의 경우에는 이상과 같은 ‘과세특례’라는 예외에 대하여 또하나의 예외를 얹어 4천8백만원이 넘고 1억5천만원에 미달하는 개인사업자에게 간이과세라는 새로운 특전을 안겼다. 이는 부가가치세제의 왜곡을 더욱 심화시키는 논리상으로 있을 수 없는 파격이었다.

위 과세특례의 경우에는 매입세액을 고려하지 않으므로, 그 과세표준(6월 과세기간 중의 공급대가)에 1,000의 20(대리 등 수수료 수입인 경우에는 1,000의 35)을 곱하는 천분율의 세율이 적용되었다. 그러나 새로운 예외인 간이과세는 매입세액을 고려하는 뜻으로 시행령이 정하는 ‘당해 업종의 부가가치율’(흔히 ‘업종별 부가가치율’)(업종별로 대략 20～40%)이라는 것을 곱하여 과세표준을 계산하고 그것에 보통의 세율(100분의 10)을 곱하여 세액을 계산하는 방식이었다. 이 예외 위의 예외조치는 1996.1.1.부터 2000.7.1.까지 5년반이나 시행되었다.

그 후 2000.7.1.부터는 위 4천8백만원(또는 1천2백만원) 미만의 개인사업자에게 붙여진 ‘과세특례’라는 말은 ‘간이과세’로 바뀌었고, 그 과세방법도 ‘업종별 부가가치율’을 공급대가에 곱하여 과세표준을 계산한 다음 보통의 10% 세율을 적용하는 것으로 개선되었다. 이것은 과세방법이라는 측면에서는 진보된 것이라 생각된다. 그러나 문제는 4천8백만원이 너무 높은 기준이라는 점과 이 예외가 계속 지하경제를 해결할 수 있는 세제개혁의 발목을 잡는다는 데에 있다.

당초에 이들 예외에 속하는 납세의무자의 수는 80% 정도이었다. 예외가 원칙을 4배나 되는 수준인 셈이었다. 간이과세로 바뀐 현재의 특례납세의무자의 수는 절반 정도이다. 이처럼 예외가 절반을 차지하는 것은 정상적인 제도가 될 수 없다. 더구나 간이과세자이지만 실제로 연간 4천8백만원을 넘는 수는 실상을 파악하기 어렵지만 위 절반의 절반은 되리라 짐작된다. 이들 예외취급을 받는 납세의무자들은 세금계산서를 둘러싼 왜곡으로 여전히 국민경제의 20%를 넘는 지하경제를 형성하고 있는 것이다.

이 간이과세의 폐지는 지하경제를 10% 이하로 줄이면서 선진세정으로 진입하는 최선의 방법이 될 것이다. 그리고 늘어나는 복지재정 등을 충당하는 방편으로 삼을 수 있을 것이다. 그러므로 새정부는 출범 1년 안에 이의 폐지를 속전속결로 처리하여야 한다. 그렇지 않으면 여러 가지의 여건에 휘말려 제도개선이 불가능하게 되기 십상이기 때문이다.
이 경우에 진정으로 영세한 소규모 개인사업자의 처우가 문제일 것이다. 이를 위하여 정부가 그 남은 임기 4년간 과거 5년간의 평균 부가가치세 부담액을 넘는 세액을 탕감하는 특별조치를 약속하면 된다. 이와 함께 세금계산서의 발급과 연계하여 ‘인센티브’를 주는 적절한 방안을 마련하여야 한다. 그 후에 들어서는 새정부는 예외를 인정받는 간이과세자가 선진국의 경우처럼 5% 정도로 줄어드는 예외조치를 강구하면 될 것으로 생각된다.

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