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부가가치세 과세원리가 다른 세목의 그것과 질적으로 다른 특징은 이 세목에는 ‘매입세액의 공제’라는 것이 인정된다는 사실이다. 이는 소득세의 일부(사업소득과 기타소득 및 양도소득에 대한 소득세)에 ‘필요경비’의 공제를 인정하며, 법인세(청산소득세가 아닌 보통 법인세)에는 ‘손금’의 공제를 인정하는 것과 비슷하다. 이들 각 경우는 기업회계에서 당기의 수익에서 당기의 비용(손비)을 공제하여 당기순손익을 계산하는 이치와 같다.
이처럼 부가가치세에 관하여 ‘매입세액’의 공제를 허용하는 원리는 재화나 용역을 공급할 적에 스스로 창출한 부가가치에 한정하여 그것에 일정한 비율(현재 10%)을 곱하여 과세하자는 논리에서 비롯된 것이다. 이를테면 제조업의 경우 외부로부터 구입한 원재료를 활용한 제조과정에서 투입하는 노무비와 경비 및 출고할 적의 마진을 모두 부가가치로 합산하고자 한다. 그리고 매매업의 경우에는 외부로부터 구입한 상품을 제조나 가공을 거치지 않고 그대로 공급하므로, 판매할 적의 마진을 부가가치로 계산하고자 한다. 이들 둘과는 달리 용역업의 경우에는 외부에서 사들인 원재료나 상품이 없으므로, 용역(예: 금융용역 운송용역 숙박용역 등)을 공급하고서 얻는 대가를 전부 부가가치로 계산하고자 한다(다만 면세로 다루는 것은 다르다).

그러나 유감스럽게도 이상 세 가지 부가가치를 손쉽게 계산할 수 있는 방법이 없다. 물론 전문가가 계산하면 전혀 불가능한 일이 아닐 수는 있다. 하지만 수많은 납세자를 상대로 복잡다단한 계산을 하게 할 도리는 없다(이 방법을 이론에서 ‘가산법’이라 한다). 그러므로 부가가치법제에서는 기업이 외부에 공급을 하면서 받는 외형거래금액(예: 매출액)에서 사전에 해당 공급을 하려고 외부에서 구입을 하면서 지출한 구입액(매입액)을 빼면 나머지가 부가가치라는 원리를 고려하게 되었다(이 방법을 이론에서 ‘전단계거래액공제법’이라 한다). 하지만 이 방법도 매출거래액에 대응하는 매입액(즉 전단계거래액)을 일일이 계산하는 것은 시간을 필요로 하므로 과세실무상 거의 불가능한 일이다.

그리하여 부가가치세제를 연구한 프랑스와 독일의 학자들은 위 ‘가산법’과 ‘전단계거래액공제법’을 뛰어넘는 자못 기발한 세액계산법을 발명하게 되었다. 그것은 공급을 하면서 받는 외형거래금액(예: 매출액)에 세율(예: 10%)을 곱한 세액을 ‘매출세액’이라 하고, 그것을 사전에 구입할 적의 구입액(매입액)에 세율(위와 같은 10%)을 곱한 세액을 ‘매입세액’이라 하고서, 앞것에서 뒷것을 뺀 금액을 ‘납부세액’이라 하자는 것이다. 그러나 이 방법도 거래건별로 그 때마다 일일이 계산하는 것은 매우 어려우므로, 일정한 기간(우리나라처럼 6개월을 원칙으로 하거나 일본처럼 1년으로 하는 과세기간)을 통틀어 그 기간 전체의 매출세액의 합계액에서 그 전체의 매입세액의 합계액을 뺀 것을 해당 과세기간의 납부세액으로 하자는 것이다(이 방법을 이론에서 ‘전단계세액공제법’이라 한다).

이 ‘전단계세액공제법’에 따르면 ‘가산법’이나 ‘전단계거래액공제법’을 택하는 경우의 납부세액과 논리상으로 같다. 다만 ‘매출세액’에서 ‘매입세액’을 뺀 금액이 부(-)의 수치로 계산되는 경우가 생기기도 한다. 왜냐하면 해당 과세기간에 매출실적은 적고 매입실적은 반대로 클 수도 있기 때문이다. 이 경우 부(-)의 금액을 ‘환급세액’으로 돌려주는 것이 현행법의 원칙이다. 이렇게 하더라도 길게는 문제가 해결된다. 납부세액이 상대적으로 큰 과세기간도 있기 때문이다.

그렇다면 위 매입세액에 관한 원래의 공급자에 의한 매출세액 해당 세금이 국고로 들어오지 않는 경우에는 국가의 세수결손이 생길 수 있다. 자료상이 개입하여 공급을 증명하는 세금계산서를 발급하고서 나중에 종적을 감추는 경우에 이러한 문제가 생긴다. 따라서 국가가 환급세액을 돌려줄 적에는 전단계의 납부세액이 국고로 들어온 실적을 확인하는 행정절차가 선행되어야 한다. 현재로서 전산시스템이 완벽한 수준이므로 이는 충분히 가능한 일이다.

그러나 현행 부가가치세법에는 이러한 근거규정이 없다. 과거에 규정이 없이도 행정으로 이렇게 한 적이 있었다. 이러한 행정절차가 어느 사이에 사라진 지금 부정환급은 상당히 널리 자행되고 있다. 이것을 막으면 연간 20조원의 세수증대가 가능하다는 전문인의 주장(세정신문 2015.8.10. 기사)도 있고 보면, 당국은 이를 위한 부가가치세법의 개정을 서둘러야 할 것이다.

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