연결재무제표와 관련된 법인세 회계의 주요 이슈는 우리나라의 경우 아직 연결납세제도가 도입되지 않아 개별기업 기준으로 납세를 하고 있기 때문에 개별기업의 관점에서 다루어진다. 개별재무제표상 자산과 부채의 장부금액과 법인세법에서 인정되는 자산과 부채의 세무기준액이 차이가 나는 경우 그러한 일시적차이에 대한 법인세효과를 이연법인세자산 또는 이연법인세부채로 인식한다. 개별회계상 인식한 이연법인세 외에 연결재무제표 작성시에도 연결재무제표상 자산과 부채의 장부금액과 관련 세무기준액을 비교하여 일시적 차이가 존재하면 그에 대한 법인세효과를 연결재무상태표와 연결포괄손익계산서에 인식해야 한다. 연결대상회사들은 연결대상회사 각각의 개별재무제표에서 발생한 이연법인세자산과 이연법인세부채를 연결재무제표 작성시 합산하여 총액으로 표시한다.
일시적차이에 대한 법인세효과가 발생하는 연결단계는 첫째, 종속기업 투자지분과 종속기업 자본계정의 상계제거시, 둘째, 공정가치차이의 후속처리 및 영업권의 후속처리시, 셋째, 지배기업과 종속기업간 내부거래 제거시 등이 있다. 지배기업의 연결재무상태표상 종속기업의 자산과 부채는 종속기업 취득시점의 공정가치로 평가한다. 단순재무제표 합산후에 연결조정분개가 이루어지므로 연결재무제표에는 자산의 장부금액과 공정가치 차이가 추가 계상되어 연결재무제표상 장부금액은 증가한다. 그러나 세무기준액은 실제보유기업인 종속기업 개별재무제표에서 결정된다. 따라서 연결재무제표상 자산과 부채의 장부금액과 세무기준액 사이에는 일시적차이가 발생하고 이러한 일시적차이로 인한 법인세효과를 이연법인세자산 또는 이연법인세부채로 인식한다. 예를 들어, 자산의 장부금액은 공정가치로 증가하였으나 자산의 세무기준액은 종속기업의 원가로 남아 있는 경우 이연법인세부채를 초래하는 가산할 일시적차이가 발생한다. 이때 자산이나 부채의 평가차액으로 인해 이연법인세부채가 발생하면 그만큼 종속기업의 부채가 증가한 것에 해당하므로 순자산이 감소하여 영업권이 증가하거나 염가매수차익이 감소한다.
영업권의 가산할 일시적차이에 대한 이연법인세부채는 인식하지 않는다. 그 이유는 영업권은 잔여금액으로 측정되므로 만일 영업권과 관련하여 이연법인세부채를 인식하게 되면 그만큼 영업권이 증가하고 다시 이연법인세부채를 추가로 인식하게 되는 순환적인 과정을 반복하게 되기 때문이다. 추후에 연결재무제표관점에서 해당 자산의 연결외부 판매 등으로 인한 실현 시점에 세무상 손금으로 인정되지 않는 금액에 대한 법인세효과만큼을 이연법인세부채로 인식할 수 있고, 이는 자산부채법의 논리에 충실한 회계처리 방법이 된다.
연결재무제표를 작성하는 과정에서 연결대상기업간 자산거래에 포함된 미실현손익은 제거한다. 이때 연결재무제표상에 해당 자산은 내부미실현이익이 제거된 금액으로 나타나게 되는 반면에 세무기준액은 내부미실현이익이 포함된 거래금액으로 그대로 유지되기 때문에 개별재무제표상 내부거래가 발생한 연도에 인식한 미실현이익에 대해 법인세를 납부하게 된다. 따라서 내부거래가 발생한 연도에 미실현이익과 관련하여 납부하는 법인세부담액은 이연법인세자산으로 인식하고 당해 연도의 법인세비용을 줄인다. 이연법인세자산은 자산 내부거래 미실현이익 제거를 통한 장부금액 감소액에 따른 차감할 일시적차이를 인식한 결과이다.
종속기업에 대한 투자자산과 관련된 모든 가산할 일시적차이에 대하여 이연법인세부채를 인식한다. 다만, 지배기업이 일시적차이의 소멸시점을 통제할 수 있거나 예측가능한 미래에 일시적차이가 소멸하지 않을 가능성이 높다면 이연법인세부채를 인식하지 아니한다.
IFRS 도입 이후, 우리 기업들은 IFRS 재무제표를 작성 및 공시하는데 빠르게 정착해 가고 있지만, 아직도 일부 상장기업들이 연결재무제표를 스스로 작성하지 못하고 회계감사를 의뢰해야 할 감사인에게 대신 작성을 의뢰하는 일이 발생하고 있다. 따라서 우리 상장기업들은 회사의 연결재무제표를 스스로 작성할 수 있는 능력 배양이 그 어느 때보다 절실한 상황이다.
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