②제5조 제1항 제2호에 규정된 소득세의 감면을 받는 세액에 부과되는 농어촌특별세는 이자·배당소득에 대한 감면의 경우에는 이 법 시행기간 중에 발생하는 소득분, 세액공제의 경우에는 이 법 시행기간 중에 저축 또는 상환하는 금액분에 대하여 적용한다.
③제5조 제1항 제3호의 규정에 의한 농어촌특별세는 동 규정의 적용을 받는 법인의 사업연도 중 이 법 시행일 이후 최초로 종료하는 사업연도의 개시일(1994년 7월 1일부터 1994년 12월 30일까지 사업연도가 종료하는 경우에는 당해 사업연도 종료 후 최초로 개시하는 사업연도의 개시일을 말한다)부터 적용하되, 그 적용기간은 2년 이내에 종료하는 사업연도분까지로 한다.

제4조【특별소비세를 본세로 하는 농어촌특별세에 관한 적용례】
특별소비세를 본세로 하는 농어촌특별세는 이 법 시행기간중에 반출·수입신고 또는 입장하는 분에 대하여 적용한다.

제5조【증권거래세를 본세로 하는 농어촌특별세에 관한 적용례】
증권거래세를 본세로 하는 농어촌특별세는 이 법 시행기간중에 증권거래소에서 주권을 양도하는 분에 대하여 적용한다.

제6조【관세를 본세로 하는 농어촌특별세에 관한 적용례】
관세를 본세로 하는 농어촌특별세는 이 법 시행기간중에 수입신고하는 분에 대하여 적용한다.

제7조【지방세를 본세로 하는 농어촌특별세에 관한 적용례】
①취득세 또는 등록세를 본세로 하는 농어촌특별세는 이 법 시행기간 중에 취득하거나 등기 또는 등록하는 분에 대하여 적용한다.
②종합토지세를 본세로 하는 농어촌특별세는 이법 시행기간 중에 과세기준일이 도래하는 분에 대하여 적용한다.
③레저세를 본세로 하는 농어촌특별세는 이법 시행기간중에 승자투표권 또는 승마투표권을 발매하는 분에 대하여 적용한다.(2001.12.29 개정)

거.농어촌특별세
제26조의2 제1항 제3호 중 "제1호 및 제2호"를 "제1호 내지 제3호"으로 하여 이를 동항 제4호로 하고, 동항에 제3호를 다음과 같이 신설한다.

3.농어촌특별세(농어촌특별세법 제5조 제1항 제4호의 규정에 의한 것을 제외한다)는 농어촌특별세법 제2조 제2항의 규정에 의한 본세를 부과할 수 있는 날부터 5년간(관세감면액에 부과되는 농어촌특별세는 2년간으로 하되, 사기 기타 부정한 행위로써 관세의 감면을 받은 경우에는 5년간)

② 국세와 지방세의 조정 등에 관한 법률 중 다음과 같이 개정한다.
제2조 중 "교육세 및 교통세"를 "교육세·교통세 및 농어촌특별세"로 한다.
③ 조세감면규제법 중 다음과 같이 개정한다.
제3조 제1항에 제13호의2를 다음과 같이 신설한다.

13의2.농어촌특별세법

④ 법인세법 중 다음과 같이 개정한다.
제22조의2 제2항 제1호를 다음과 같이 한다.

1.당해 사업연도의 법인세액, 법인세의 감면액 또는 과세표준에 부과되는 농어촌특별세액 및 소득할주민세액

⑤ 부가가치세법 중 다음과 같이 개정한다.
제13조 제4항 중 "교육세 및 교통세"를 "교육세·교통세 농어촌특별세"로 한다.
⑥ 관세법 중 다음과 같이 개정한다.
제26조의2 제1항 중 "교육세 및 교통세"를 "교육세·교통세 및 농어촌특별세"로, "교육세법 및 교통세법"을 "교육세법·교통세법 및 농어촌특별세법"으로 한다.
⑦ 수출용원재료에 대한 관세 등 환급에 관한 특례법 중 다음과 같이 개정한다.
제1조 중 "주세 및 교통세"를 "주세·교통세 및 농어촌특별세"로, "주세법 및 교통세법"을 "주세법·교통세법 및 농어촌특별세법"으로 한다.
제2조 제1항 중 "주세 및 교통세"를 "주세·교통세 및 농어촌특별세"로한다.