◇ 개정이유

중소기업의 결손금을 소급하여 공제할 수 있는 기간을 한시적으로 확대하는 등 코로나바이러스감염증-19로 어려움을 겪고 있는 중소기업을 지원하고, 반도체ㆍ배터리ㆍ백신 등 3대 분야의 국가전략기술을 확보하기 위한 연구개발ㆍ시설 투자에 대한 세제 지원을 강화하는 등의 내용으로 「조세특례제한법」이 개정된 것에 맞추어, 중소기업이 결손금을 소급공제하여 환급받을 수 있는 금액의 계산방법을 정하고, 세제 지원 대상인 국가전략기술의 연구개발비용 및 시설의 범위를 정하는 등 법률에서 위임된 사항과 그 시행에 필요한 사항을 정하는 한편,

대기업과 중소기업 간의 임금 격차를 줄이기 위해 성과공유 중소기업에 대한 과세 특례의 적용 요건을 완화하고, 통합투자세액공제의 대상이 되는 자산 범위를 확대하며, 지역특구 입주기업에 대한 사후관리를 강화하고, 근로장려금 신청대상자 요건과 소득ㆍ재산의 산정기준을 합리적으로 개선하는 등 현행 제도의 운영상 나타난 일부 미비점을 개선ㆍ보완하려는 것임.

◇ 주요내용

가. 중소기업 등에 대한 조세특례

1) 중소기업 결손금 소급공제에 따른 환급 특례(제7조의3)

2021년 12월 31일이 속하는 과세연도에 발생한 중소기업 결손금에 대하여 직전 과세연도뿐만 아니라 직전전 과세연도의 소득에 대해서도 환급을 신청할 수 있게 됨에 따라, 환급 금액의 계산 방법을 정하고 종합소득과세표준 확정신고기간 또는 법인세 과세표준 신고기간 내에 환급신청을 하도록 함.

2) 벤처기업 주식매수선택권 과세특례 대상 확대(제14조의2제1항 신설)

벤처기업 주식매수선택권의 행사차익에 대한 소득세 비과세 특례를 적용받는 대상에 벤처기업의 임직원뿐만 아니라 벤처기업이 인수한 기업의 임직원도 포함하도록 확대됨에 따라, 그 구체적인 대상을 벤처기업이 발행주식 총수의 100분의 30 이상을 인수한 기업의 임직원으로 정함.

3) 성과공유 중소기업에 대한 세액공제 요건 완화(제17조제2항)

종전에는 중소기업이 근로자에게 지급하는 경영성과급에 대해 세액공제를 받으려면 중소기업이 근로자와 성과급 지급을 약정한 과세연도에 영업이익이 발생해야만 세액공제를 받을 수 있었으나, 앞으로는 영업이익이 발생하지 않은 사업연도에 지급하는 경영성과급에 대해서도 세액공제를 받을 수 있도록 하여 근로자와의 성과공유가 활성화될 수 있도록 지원함.

나. 연구ㆍ인력개발 및 투자 촉진을 위한 조세특례

1) 국가전략기술 연구개발비의 범위 규정(제9조제6항ㆍ제7항 및 별표 7의2 신설)

반도체ㆍ배터리ㆍ백신 관련 기술 등 국가전략기술의 내용을 첨단 메모리 반도체 설계ㆍ제조 기술, 이차전지 부품 제조기술, 방어 항원 제조기술 등으로 구체화하고, 세액공제가 적용되는 국가전략기술 연구개발비를 국가전략기술 연구개발업무에 종사하는 연구원 등의 인건비, 원재료와 시약류 구입비, 국가전략기술 연구개발 업무의 위탁이나 공동 수행에 따른 비용 등으로 정함.

2) 통합투자세액공제 대상 자산의 범위 확대(제21조제3항제3호 신설)

중소기업이나 중견기업이 국내에서 연구ㆍ개발하여 최초로 설정등록받은 특허권, 실용신안권 또는 디자인권을 취득한 경우에도 세액공제를 받을 수 있도록 하여 기술거래의 활성화를 도모함.

3) 신성장사업화시설 및 국가전략기술사업화시설의 통합투자세액공제 사후관리 적용특례(제21조제5항, 제21조제10항 및 제11항 신설)

신성장ㆍ원천기술 또는 국가전략기술을 사용한 제품 외에 다른 제품의 생산에도 병행하여 사용하는 신성장사업화시설 또는 국가전략기술사업화시설에 투자하여 세액공제를 받은 경우 그 자산에 대한 사후관리 기간을 투자완료일부터 투자완료일이 속하는 과세연도의 다음 3개 과세연도의 종료일까지로 하고, 사후관리 기간 동안 해당 시설에서 신성장ㆍ원천기술이나 국가전략기술을 사용하여 생산한 제품이 전체 생산량의 절반을 넘지 않는 경우에는 해당 시설을 다른 목적으로 전용한 것으로 보아 공제받은 세액 중 일정 금액을 납부하도록 함.

4) 신성장ㆍ원천기술의 범위 확대(별표 7)

세액공제의 대상이 되는 연구개발비나 사업화시설 투자의 대상이 되는 신성장ㆍ원천기술의 범위에 탄소 포집ㆍ활용ㆍ저장 기술 등 주요 탄소중립 기술을 추가하여 탄소중립 기술의 연구개발을 지원함.

다. 지역 간의 균형발전을 위한 조세특례

1) 수도권 밖으로 본사를 이전하는 법인에 대한 세액감면 요건(제60조의2제4항 신설)

실질적인 지역경제 활성화를 도모하기 위하여 수도권 밖으로 본사를 이전하는 법인에 대해서는, 사업용 자산에 대한 투자액이 10억원 이상이고 수도권 밖으로 이전한 본사에 근무하는 인원이 20명 이상인 경우에만 세액감면을 받을 수 있도록 함.

2) 농공단지입주기업에 대한 사후관리 강화(제61조제7항 신설)

농공단지나 중소기업특별지원지역의 입주기업이 폐업하거나 사업장을 다른 지역으로 이전한 경우, 폐업한 때에는 3년간, 다른 지역으로 이전한 때에는 5년간 감면받은 세액을 납부하도록 사후관리를 강화함으로써 낙후지역을 지원하고 국가 균형발전을 도모함.

라. 청년에 대한 저축 지원을 위한 조세특례(제93조의6 및 제93조의7 신설)

청년의 자산형성을 지원하기 위하여 청년형 장기집합투자증권저축에 대한 소득공제와 청년희망적금에 대한 이자소득 비과세 특례가 신설됨에 따라, 그 가입대상을 19세 이상 34세 이하인 사람으로 정하고, 가입자가 천재지변이나 퇴직, 폐업, 질병 등 부득이한 사유로 계약을 해지하는 경우에는 특례 적용에 불이익을 받지 않도록 하며, 금융회사 등은 이를 전용계좌에 의하여 취급하도록 하는 등 청년형 장기집합투자증권저축 및 청년희망적금의 운영에 관한 세부사항을 정함.

마. 근로장려금 제도의 합리적 개선

1) 근로장려금 신청 대상에서 고임금 근로자 제외(제100조의2제4항제2호 신설)

현행 규정상 고소득 근로자라도 1년 중 근무한 개월 수가 적으면 연간 총소득기준을 충족하여 근로장려금 신청 대상이 될 수 있는 문제점이 있는바, 앞으로는 상용근로자로서 월 평균 급여액이 500만원 이상인 사람은 근로장려금 신청 대상에서 제외하여 근로장려금 제도가 본래의 취지에 맞게 운영될 수 있도록 함.

2) 사업소득 산정을 위한 조정률 정비(제100조의3제1항제4호)

근로장려금 신청기준인 연간 총소득의 합계액을 산정하기 위해 활용되는 사업소득에 대한 업종별 조정률을 현행 6단계에서 10단계로 세분화하고, 부동산 매매업 등 3개 업종의 조정률은 인상하되, 숙박업, 운수업 등 10개 업종의 조정률을 인하하여 영세한 사업소득자의 사업소득이 적정하게 산정될 수 있도록 함.

3) 가구원 재산 평가 방법 합리화(현행 제100조의4제1항제4호 삭제, 제100조의4제8항제2호의2)

직계존비속 소유의 주택을 임차하여 거주하는 경우 근로장려금 신청 단위인 1세대의 구성원에 해당 직계존비속을 포함시키지 않도록 하여 사실상 생계가 어려운 사람이 직계존비속의 재산으로 인해 근로장려금을 받지 못하게 되는 문제점을 개선하고, 근로장려금 신청 자격을 판단하기 위하여 구성원의 재산을 평가할 때 직계존비속으로부터 임차하여 거주하는 주택의 전세금에 대해서는 ‘임대차계약서에 따른 전세금’이 아니라 ‘기준시가를 적용하여 평가한 금액’에 따르도록 하여 근로장려금의 부정수급을 방지함.

바. 직접국세에 대한 조세특례

1) 해운기업에 대한 과세특례 관련 용선 사용률 정비(제104조의7제3항제4호나목)

해운기업에 대한 과세표준을 산정할 때 종전에는 ‘용선계약에 따른 용선비율’을 적용하여 산정하도록 하였으나 앞으로는 해당 선박의 ‘최대적재량에서 실제 선박에 적재한 물량이 차지하는 비율’을 적용하여 산정하도록 하고, 해운기업이 컨테이너 수량을 기준으로 용선을 하거나 공동운항을 한 경우에는 해당 선박에 적재할 수 있는 ‘최대 컨테이너 수에서 실제 적재한 컨테이너 수가 차지하는 비율’을 적용하여 산정하도록 하여 과세표준이 보다 적정하게 산정될 수 있도록 개선함.

2) 기업의 경기부 설치ㆍ운영에 대한 과세특례(제104조의20제3항부터 제6항까지)

이스포츠경기부를 설치ㆍ운영하는 기업도 과세특례를 적용받게 됨에 따라 이스포츠 종목별로 이스포츠경기부에 경기지도자를 1명 이상 둘 것을 그 특례 요건으로 정하고, 공제대상 비용을 선수에 대한 인건비, 대회참가비 등으로 정하는 등 과세특례의 세부요건을 정함.

3) 해외진출기업의 국내 복귀에 대한 세액감면 요건 완화(제104조의21제1항제2호 및 제3항제2호)

해외진출기업의 국내 복귀를 지원하기 위해 국내 복귀 기업이 조세 감면을 받기 위한 요건으로서 ‘해외사업장을 양도ㆍ폐쇄하거나 축소한 후에 수도권과밀억제권역 밖의 지역에 창업하거나 사업장을 신설 또는 증설하여야 하는 기한’을 ‘1년’에서 ‘2년’으로 연장하여 세액감면 요건을 완화함.

사. 간접국세에 대한 조세특례

1) 외국인관광객에 대한 부가가치세 특례요건 한시적 완화(제109조의2제2항제2호)

현행 규정상 부가가치세 환급특례가 적용되는 관광호텔은 객실 종류별 공급가액이 ‘전년도 또는 전전년도’의 같은 기간에 비해 100분의 110 이하여야 하는바, 최근 경제상황의 변동을 고려하여 2022년에 한정해서는 그 공급가액이 ‘직전 4개 연도 중 1개 연도’의 같은 기간에 비해 100분의 110을 넘지 않는 경우에도 부가가치세 환급특례가 적용될 수 있도록 특례요건을 완화함으로써 외국인관광객 유치를 지원함.

2) 경형자동차 연료에 대한 교통ㆍ에너지ㆍ환경세 및 개별소비세의 환급특례 적용기한 연장 및 한도 상향(제112조의2제3항)

경형자동차 연료에 대한 교통ㆍ에너지ㆍ환경세 및 개별소비세의 환급특례가 적용되는 기한을 2023년 12월 31일까지로 2년 연장하고, 연간 환급 한도액을 ‘20만원’에서 ‘30만원’으로 상향하여 서민층의 가계 부담을 완화함.

아. 지역특구에 대한 조세특례

1) 제주투자진흥지구 입주기업의 세액감면 대상 업종 확대(제116조의15제1항제2호)

제주투자진흥지구를 활성화하기 위해 제주투자진흥지구의 입주기업이 시설투자로 세액감면을 받을 수 있는 업종에 첨단기술을 활용한 산업이나 화장품제조업 등에 관한 연구개발업을 추가함.

2) 지역특구 입주기업 등에 대한 사후관리 구체화(제116조의16제2항, 제116조의25제7항, 제116조의26제10항 및 제116조의27제7항 신설)

제주첨단과학기술단지, 아시아문화중심도시 투자진흥지구, 금융중심지, 첨단의료복합단지 및 국가식품클러스터 등 지역특구에 입주한 기업이 폐업하거나 사업장을 지역특구 외의 지역으로 이전한 경우, 폐업한 때에는 3년간, 다른 지역으로 이전한 때에는 5년간 감면받은 세액을 납부하도록 함.