◇ 개정이유

투자 활성화 및 경제활력 제고를 위하여 창업중소기업에 대한 세액감면 대상 업종을 확대하고, 소재ㆍ부품ㆍ장비 관련 전문기업 투자에 대한 과세특례제도 및 내국인 우수인력의 국내복귀에 대한 소득세 감면제도를 신설하는 등의 내용으로 「조세특례제한법」이 개정됨에 따라, 신설되는 과세특례의 적용대상, 사후관리 및 신청절차 등을 정하는 한편,

안전시설에 대한 투자를 확대하기 위하여 투자세액공제의 대상이 되는 안전시설의 범위를 확대하고, 4차산업혁명시대 혁신성장을 지원하기 위하여 세액공제의 대상이 되는 신성장ㆍ원천기술의 범위를 확대하며, 창업중소기업 등에 대한 세액감면 대상 업종에 전자금융업 등을 추가하고, 고용증대 기업에 대한 세액공제의 사후관리 방법과 근로ㆍ자녀 장려금 신청자격을 합리화하는 등 현행 제도의 운영상 나타난 일부 미비점을 개선ㆍ보완하려는 것임.

◇ 주요내용

가. 투자세액공제 대상인 사업용 자산의 범위 명확화(제4조제2항 단서 신설)

과세형평성 제고를 위하여 투자세액공제 대상인 사업용 자산의 범위에서 「소득세법 시행령」, 「법인세법 시행령」에 따라 즉시상각을 적용받은 자산은 제외함.

나. 창업중소기업에 대한 세액감면 적용대상 확대(제5조제7항, 제5조제8항 신설)

서비스업 창업 활성화를 위하여 육상ㆍ수상ㆍ항공 운송업 및 육상ㆍ수상ㆍ항공 운송지원 서비스업을 감면 대상 업종에 포함하고, 혁신성장 지원을 위해 전자금융업, 온라인소액투자중개업, 소액해외송금업을 감면 대상 업종에 추가함.

다. 연구개발비 세액공제 배제 사유 및 배제 시점 신설(제9조제15항 및 제16항 신설)

법률의 위임에 따라 세액공제 적용이 배제되는 사유를 관련 법률에 따라 기업부설연구소 등의 인정이 취소된 경우 등으로 정하고, 세액공제의 배제 시점을 인정취소의 사유별로 차등하여 규정함.

라. 내국법인의 소재ㆍ부품ㆍ장비 전문기업에의 출자ㆍ인수에 대한 과세특례 적용을 위한 세부사항 규정(제12조의3 신설)

법률의 위임에 따라 둘 이상의 내국법인이 소재ㆍ부품ㆍ장비 관련 중소기업ㆍ중견기업에 공동으로 출자하는 경우의 과세특례 적용을 위한 투자대상기업, 투자대상기업의 의무투자 범위 등을 정하고, 내국법인이 소재ㆍ부품ㆍ장비 관련 외국법인을 인수하는 경우의 과세특례 적용을 위한 인수대상 외국법인 요건, 사후관리 기간 등을 정함.

마. 온라인소액투자중개를 통해 취득한 기술우수중소기업 등에 대한 주식 양도소득세 비과세의 범위 및 요건 규정(제13조제2항 신설)

온라인소액투자중개를 통해 취득한 주식의 양도소득세 비과세를 적용받을 수 있는 투자 대상 기업을 기술성 우수 평가를 받은 기업, 연구개발비를 3천만원 이상 투자하는 기업 등으로 정하고, 특수관계가 없는 기업에 출자하여 해당 주식을 3년 이상 보유한 경우에만 비과세 특례가 적용되도록 함.

바. 중소기업창업투자조합 등에의 출자에 대한 소득공제 출자ㆍ투자 확인서 제출시기 변경(제14조제6항)

1월로 규정되어 있는 중소기업창업투자조합 등에의 출자에 대한 출자ㆍ투자 확인서 제출시기를 2월로 변경함.

사. 소재ㆍ부품ㆍ장비 외국인기술자의 범위 특정(제16조제2항 신설)

법률의 위임에 따라 소득세 감면을 적용받을 수 있는 소재ㆍ부품ㆍ장비 관련 외국인기술자의 범위를 「소재ㆍ부품ㆍ장비산업 경쟁력강화를 위한 특별조치법」에 따른 특화선도기업 등에서 근무하는 사람으로 정함.

아. 내국인 우수 인력의 국내복귀에 대한 소득세 감면 시행을 위한 세부 요건 규정(제16조의3 신설)

법률의 위임에 따라 내국인 우수 인력의 요건을 국외에서 5년 이상 연구개발 및 기술개발 경험이 있을 것 등으로 정하고, 해당 우수 인력이 소득세를 감면받을 수 있는 근무 대상 기관을 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」에 따른 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서 등으로 정함.

자. 안전시설 투자에 대한 세액공제 적용대상 확대(제22조의5제3항)

안전시설 투자에 대한 세액공제 적용대상으로 액화석유가스 공급ㆍ 저장시설, 위험물의 제조소ㆍ저장소ㆍ취급소, 집단에너지 공급시설 및 송유관의 안전시설을 추가함.

차. 초연결 네트워크 구축을 위한 시설투자에 대한 세액공제 대상 투자금액 계산방법 변경(제22조의11제2항)

초연결 네트워크 구축을 위한 시설투자 세액공제를 확대 적용하기 위해 세액공제 대상 투자금액의 범위가 기지국 시설 매입가액으로 제한되지 않고 공사비 등 매입부대비용이 포함되도록 다른 시설투자세액공제와 동일하게 규정함.

카. 경력단절 여성을 고용한 기업에 대한 세액공제 요건 정비(제26조의3제2항 신설, 제26조의3제4항)

경력단절 인정 사유에 결혼 및 자녀교육을 추가하는 등의 내용으로 법률이 개정됨에 따라 세액공제가 적용되는 결혼 및 자녀교육의 범위, 동일한 업종의 기준을 정함.

타. 고용증대 세액공제 사후관리를 위한 "청년" 간주 규정 보완(제26조의5제7항 및 제26조의7제6항)

기간 경과에 따른 청년 근로자 수의 자연감소를 배제하기 위하여 고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제 사후관리 요건 위반 시 추가납부하는 세액을 계산할 때 "청년"의 판단 기준시점을 공제받은 과세연도 종료일에서 공제받은 과세연도로 변경함.

파. 고용증대 세액공제의 사후관리 요건 위반 시 추가납부하는 세액의 계산방법 합리화(제26조의7제5항)

고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제 사후관리 요건 위반 시 추가납부하는 세액의 계산방법을 사후관리 기간에 따라 구분하여 정하고, 청년 및 장애인 상시근로자 수가 전체 상시근로자 수보다 크게 감소하는 경우에는 청년 및 장애인 상시근로자에 해당하여 추가로 공제받은 금액을 납부하도록 함.

하. 중소기업 취업자에 대한 소득세 감면 대상 업종 확대(제27조제3항)

창작 및 예술관련 서비스업, 도서관ㆍ사적지 및 유사 여가 관련 서비스업, 스포츠 서비스업 등의 서비스 업종을 중소기업 취업자 소득세 감면 대상 업종에 추가함.

거. 상시근로자 증가 인원에 대한 사회보험료 세액공제 계산방법 합리화(제27조의4제6항, 제8항 및 제9항)

상시근로자 증가 인원에 대한 사회보험료 세액공제 적용을 위해 상시근로자 수 계산 시 해당 과세연도를 기준으로 하고, 공제대상이 되는 사회보험료 상당액에서 국가 등이 지급한 보조금ㆍ감면액을 제외하도록 함.

너. 가업승계 증여세 특례 확대(제27조의6제6항 및 제9항)

가업승계 증여세 특례가 적용되는 업종변경 범위를 한국표준산업분류상의 소분류에서 중분류 내로 확대하고, 전문가 심의를 거쳐 중분류 외의 업종으로도 변경할 수 있도록 하며, 피상속인이 생전에 가업승계에 따라 주식 전부를 증여한 경우에도 향후 가업상속공제를 적용받을 수 있도록 함.

더. 주식의 현물출자 등에 의한 지주회사의 설립 등에 대한 과세특례 적용 세부사항 변경(제35조의3)

주식의 현물출자 등에 의한 지주회사 설립 등에 대한 과세특례를 과세이연 방식에서 거치ㆍ분할납부 방식으로 변경하는 내용으로 법률이 개정됨에 따라 과세처리방식을 이에 맞추어 조정함.

러. 농지 등 현물출자 시 양도소득세 감면액 명확화(제63조제15항, 제64조제12항 및 제65조제7항 신설)

농업인 등이 농지 등을 현물출자 시 감면되는 양도소득세는 현물출자한 자산에 담보된 채무 중 법인이 인수하는 채무가액에 상당하는 소득을 제외한 것임을 명확히 하며, 감면대상에서 배제되는 소득의 계산방식을 구체적으로 정함.

머. 영어조합법인에 대한 법인세 면제한도 확대(제64조제1항)

영어조합법인의 어로어업소득에 대한 법인세 면제한도의 기준금액을 1천200만원에서 3천만원으로 상향조정함.

버. 자경농지에 대한 양도소득세 감면 시 자경기간 계산방법 합리화(제66조제14항)

복식부기 의무대상이 되는 수입금액 기준 이상의 수입금액이 있는 경우 해당 과세기간은 자경기간에서 제외함.

서. 대토보상에 대한 양도소득세 과세특례 확대 등(제73조제1항 및 제5항)

거주자가 공익사업의 시행으로 해당 사업지역에 대한 사업인정고시일부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지등을 양도함으로써 발생하는 양도차익으로서 대토보상 받는 부분에 대해서는 법률 개정에 따라 양도소득세 감면율을 현행 15퍼센트에서 40퍼센트로 인상하고, 대토보상권을 부동산투자회사에 현물출자하는 경우 만기보유특약 없는 채권보상 수준으로 감면율을 조정함.

어. 공모부동산집합투자기구의 집합투자증권 배당소득에 대한 과세특례 시행을 위한 세부사항 규정(제81조의4 신설)

법률에서 공모부동산집합투자기구의 집합투자증권에 대한 과세특례제도가 신설됨에 따라 과세특례 신청 절차, 사후관리 요건 등을 규정함.

저. 비과세종합저축 과세특례 가입요건 확인절차 신설(제82조의2제6항부터 제8항까지 신설)

비과세종합저축 가입요건 중 금융소득 종합과세 여부를 검증하기 위하여 가입요건 확인 및 이의제기 절차를 정함.

처. 소형주택 임대사업자 세액감면 요건 합리화 및 세액감면액 계산방법 보완 등(제96조제2항 및 제8항, 제96조제4항 및 제5항 신설)

소형주택 임대사업자 세액감면 시 임대보증금 또는 임대료의 증가율 요건을 보완하고, 임대사업자가 임대주택 유형을 변경하거나 임대주택 수를 변경하는 경우 세액감면 계산방법 등을 규정함.

커. 장기일반민간임대주택 등의 임대기간 계산 특례에 리모델링 사업 추가(제97조의3제2항 및 제97조의5제1항)

재개발ㆍ재건축 사업과 마찬가지로 「주택법」상 리모델링의 경우도 허가일 또는 사업계획승인일 전 6개월부터 준공일 후 6개월까지 임대한 것으로 보도록 함.

터. 장기일반민간임대주택 등에 대한 임대료 증액제한 요건 명확화(제97조의3제3항)

「민간임대주택에 관한 특별법」의 개정사항을 반영하여 임대료 및 임대보증금의 증가율 한도를 기존의 연 5퍼센트에서 5퍼센트로 하고, 임대차계약 또는 약정한 임대료의 증액이 있은 후 1년 이내에는 증액하지 못하도록 하며, 보증금과 임대료 간 전환에 대해서는 「민간임대주택에 관한 특별법」의 기준을 준용하도록 함.

퍼. 영세개인사업자의 체납액 징수특례 세부사항 규정(제99조의9 신설)

법률에서 영세개인사업자 체납액 징수특례가 신설됨에 따라 적용대상자 요건 중 "3개월 이상 근무"의 세부요건, 징수곤란 체납액 산정 방식, 체납액 징수특례를 적용받기 위한 신청절차를 규정함.

허. 근로ㆍ자녀 장려를 위한 조세특례

1) 장애인 부양자녀에 대한 연령요건 미적용 범위 조정(제100조의2제3항)

거주자와 동일한 주소 또는 거소에 거주하거나, 질병 등으로 일시퇴거한 장애인 부양자녀인 경우에만 연령요건을 적용하지 않도록 함.

2) 1세대 범위 조정(제100조의4제1항)

거주자 또는 배우자와 동일한 주소 또는 거소에 거주하는 직계존비속 등을 1세대에 포함하도록 하고 취학ㆍ질병의 요양 등으로 거주자의 주소 또는 거소에서 일시퇴거한 자는 제외함.

3) 재산요건 판정 시 금융재산 제외 규정 합리화(현행 제100조의4제3항제4호 단서 삭제)

금융재산의 개인별 합계금액이 5백만원 미만인 경우 재산가액에 포함시키지 않도록 하는 규정을 삭제함.

4) 총급여액 등에서 제외되는 소득 범위 조정(제100조의6제2항)

총급여액 등에서 제외되는 소득의 범위에 본인 및 배우자의 직계존비속과 그 배우자로부터 받은 사업소득을 추가함.

5) 근로ㆍ자녀장려금 신청 시 종합소득과세표준 확정신고 의제 대상 확대(제100조의7제7항)

종합소득금액이 본인에 대한 기본공제액 이하이고 원천징수 대상 사업소득이 있는 등의 요건을 갖춘 상용근로자가 근로ㆍ자녀장려금을 신청한 경우에는 종합소득과세표준 확정신고를 한 것으로 봄.

6) 근로ㆍ자녀장려금결정통지 생략 규정 신설(제100조의9제2항)

신청자의 신청금액과 납세지 관할 세무서장이 결정한 결정금액이 같고, 반기 근로ㆍ자녀장려금 환급 유보에 해당하지 않는 경우 근로ㆍ자녀장려금결정통지서를 국세환급금통지서로 갈음할 수 있도록 함.

7) 하반기 근로장려금 환급 유보 신설(제100조의9제5항 신설)

반기신청에 따라 환급한 상반기 근로장려금이 하반기 근로장려금을 결정할 때 산정한 해당 소득세 과세기간의 근로장려금 이상인 경우에는 하반기 근로장려금 환급을 유보하도록 함.

8) 반기 근로장려금 환수 방법 신설(제100조의9제7항 신설)

반기 근로장려금 환수 시 해당 소득세 과세기간의 자녀장려금 및 향후 5개 과세기간의 근로ㆍ자녀장려금에서 순서대로 차감하도록 하고, 환수 금액이 남은 경우에는 소득세 납부 고지를 하여 환수하도록 함.

고. 성실사업자등에 대한 의료비등 공제 요건 완화(현행 제117조의3제3항 삭제)

사업장 면적이 50퍼센트 이상 증가하거나 한국표준산업분류상 다른 대분류 업종으로 변경ㆍ추가하여 수입금액이 증가하는 경우에도 성실 사업자 등에 대한 의료비 등 공제를 받을 수 있도록 함.

노. 조세특례 평가 면제요건 강화(제135조제3항)

해당 연도에 적용기한이 종료되는 사항으로서 최근 평가를 거쳤음을 이유로 하여 조세특례 평가의 면제가 가능한 기간을 현행 3년에서 2년으로 축소함.

도. 인력개발비의 범위 확대(별표 6)

대학맞춤형 교육비용 등에 대한 세액공제가 적용 종료됨에 따라 대학과의 계약 등을 통해 설치한 학과의 운영비 및 산업수요 맞춤형 고등학교 재학생의 현장훈련수당 등을 인력개발비에 포함하여 연구ㆍ인력개발비 세액공제가 지속적으로 적용되도록 함.

로. 신성장ㆍ원천기술 대상 확대(별표 7)

신성장ㆍ원천기술 분야의 연구개발 활성화를 위해 첨단 소재ㆍ부품ㆍ장비 분야를 신설하고 대상기술을 확대ㆍ추가함.