부가가치세 매입세액은 얼마나 열심히 세금계산서를 수취하느냐에 따라 그 공제받을 수 있는 세액의 범위가 달라져 부가가치세 신고납부세액이 크게 달라진다. 그러나 적정한 거래에 대하여 적정하게 세금계산서 등을 잘 수취하였다 하더라도 입법목적 등에 따라 매입세액이 불공제되는 경우가 있다. 부가가치세법 제39조에서 거래상대방 등에게 부가가치세를 징수당한 사실이 세금계산서 등 정규증빙에 의하여 확인된다 하더라도 그 매입세액이 매출세액에서 공제되지 아니하는 경우를 열거하고 있는 바 그 내용을 살펴보기로 하자.
1. 매입처별세금계산서 합계표의 미제출?부실기재분 매입세액 부가가치세 예정신고 및 확정신고시 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출하였으나 기재사항 중 거래처별 등록번호 등이 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우에는 매입세액을 공제받지 못한다. 매입처별세금계산서합계표를 미제출한 경우와 부실기재한 경우를 구분하여 살펴보면 다음과 같다.
(1) 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우 사업자가 예정신고 또는 확정신고시 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우에는 당해 매입세액을 공제받지 못한다.
(2) 매입처별세금계산서합계표를 부실기재한 경우 사업자가 예정신고 또는 확정신고시 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액은 공제받지 못한다.
(3) 예외적으로 공제가능한 경우 다음의 경우에는 예정신고 또는 확정신고시 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니하였거나 부실기재한 경우에도 예외적으로 공제가능하다(부가가치세법 시행령 제74조).
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