1. 제11조 제1항, 제13조 제2항 제1호ㆍ제2호ㆍ제3호ㆍ제5호, 제13조 제3항, 제18조, 제23조, 제26조, 제30조 제1항ㆍ제3항, 제31조의3 제1항 제1호, 제33조 제2항, 제36조, 제40조, 제42조 제1항, 제44조, 제45조 제1항, 제52조 제1항, 제54조 제5항 제1호, 제57조의3, 제67조 제1항ㆍ제2항, 제75조, 제83조 제1항, 제85조 제1항 및 제86조: 2016년 1월 1일 (2015.12.29 개정)

2. 제15조 제2항, 제27조의2항, 제63조 제4항, 제64조, 제68조 제1항 및 제85조의2 제2항: 2017년 1월 1일 (2015.12.29 개정)

3. 제6조 제4항, 제16조, 제42조 제2항, 제53조, 제70조의제3항, 제82조 및 제83조 제2항: 2019년 1월 1일 (2015.12.29 개정)

4. 제22조 제1항ㆍ제2항, 제72조 제1항ㆍ제2항, 제89조 및 제90조: 2020년 1월 1일

5. 제1호부터 제4호까지에서 규정한 면제 외의 면제: 2015년 1월 1일

제13조【지방세 감면축소ㆍ조정에 따른 중과세율 적용에 관한 특례】
이 법 시행 당시 종전의 「조세특례제한법」 및 「지방세특례제한법」에 따라 지방세를 면제하였으나 이 법 시행에 따라 일부 또는 전부가 과세대상으로 전환된 제22조 제6항, 제34조, 제38조, 제41조 제7항, 제42조 제3항, 제46조, 제57조의2, 제57조의3, 제58조, 제58조의3, 제59조, 제60조 및 제71조의 개정규정에 대한 「지방세법」 제13조 및 제28조에 따른 중과세율은 2016년 1월 1일부터 적용한다. 다만, 제37조의 개정규정에 대한 「지방세법」 제13조 및 제28조에 따른 중과세율은 2017년 1월 1일부터 적용한다.

제14조【일반적 경과조치】
이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다.

제15조【농업법인에 대한 취득세 및 재산세 면제추징에 관한 경과조치】
이 법 시행 전에 농업법인이 영농에 사용하기 위하여 취득한 부동산에 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우에는 제11조제3항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

제16조【생애최초 주택 취득자에 대한 취득세 면제분의 추징에 관한 경과조치】
이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 생애최초로 주택을 취득한 자가 종전의 제36조의2제1항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우에는 제36조의2의 개정규정에도 불구하고 종전의 제36조의2제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른다.

제17조【금융기관 등의 합병에 관한 경과조치】
이 법 시행 전에 종전의 제57조 제1항에 따라 합병한 금융기관에 대해서는 제57조의2 제2항의 개정규정에도 불구하고 2015년 12월 31일까지 종전의 제57조 제1항에 따른다.

제18조【신기술창업집적지역 등 입주기업 재산세 감면기간에 관한 경과조치】
이 법 시행 전에 신기술창업집적지역 등에 입주한 기업이 취득하는 부동산에 대한 재산세 감면기간에 대해서는 제58조 제3항 및 제59조 제3항의 개정규정에도 불구하고 각각 종전의 규정에 따른다.

제19조【외국인기술자에 대한 개인지방소득세의 감면에 관한 경과조치】
이 법 시행 전에 국내에서 근로를 제공하고 있는 외국인기술자의 경우에는 제106조 제2항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

제20조【농공단지 입주기업 등에 대한 세액감면에 관한 경과조치】
① 이 법 시행 전에 종전의 제125조 제1항 제2호에 따라 「지역균형개발 및 지방중소기업 육성에 관한 법률」 제9조에 따른 개발촉진지구에 입주하여 세액을 감면받고 있는 중소기업의 경우에는 제125조 제1항 제2호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다. 다만, 해당 중소기업이 제156조의 개정규정을 적용받을 수 있는 경우에는 종전의 제125조 제1항 제2호 또는 제156조의 개정규정 중 하나를 선택하여 적용받을 수 있다.
② 제1항 단서에 따라 종전의 제125조 제1항 제2호 또는 제156조의 개정규정 중 하나를 선택하여 적용받는 경우에는 감면기간 동안 동일한 규정을 계속하여 적용하여야 한다.

제21조【근로자복지 증진을 위한 시설투자에 대한 세액공제에 관한 경과조치】
이 법 시행 전에 근로자복지 증진을 위한 시설을 취득(신축, 증축, 개축 또는 구입을 포함한다)한 경우에 대해서는 제137조 제4항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

제22조【기업도시개발구역 등의 창업기업 등에 대한 개인지방소득세의 감면에 관한 경과조치】
① 이 법 시행 전에 종전의 제156조 제1항 제3호 또는 제4호에 따라 세액감면을 받고 있던 경우에는 제156조 제1항 제3호 및 제4호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정을 적용받을 수 있다.
② 제1항에 따라 종전의 규정 또는 개정규정의 감면을 적용받는 경우에는 그 중 하나를 선택하여 감면기간 동안 동일한 규정을 계속하여 적용하여야 한다.

제23조【프로젝트금융회사에 관한 경과조치】
법률 제9921호 조세특례제한법 일부 개정법률 부칙 제76조에 따라 「법인세법」 제51조의2 제1항 제9호에 해당하는 회사가 2010년 1월 1일 이전에 설립ㆍ등기한 경우, 해당 회사가 취득하는 부동산에 대한 취득세의 감면에 대해서는 종전의 규정에 따른다.

제24조【기업부설연구소 감면에 관한 경감세율 특례】
이 법 시행 전에 기업부설연구소로 직접 사용하기 위하여 부동산을 취득한 자가 2016년 12월 31일까지 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제14조 제1항 제2호에 따라 미래창조과학부장관에게 기업부설연구소로 신고하여 인정을 받는 경우에는 제46조의 개정규정에도 불구하고 2016년 12월 31일까지 취득세 및 재산세의 100분의 75를 각각 경감한다.

제25조【산업단지 입주기업 등에 대한 경감세율 특례】
제78조 제1항에 따른 사업시행자와 2015년 12월 31일까지 분양계약을 체결하고 제78조 제4항제1호의 대상지역에서 산업용 건축물등을 건축［공장용 건축물(「건축법」 제2조 제1항 제2호에 따른 건축물을 말한다)을 건축하여 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다］ 또는 대수선 하려는 자가 제78조 제4항에 따라 취득하는 부동산에 대해서는 이 법 개정 법률에도 불구하고 2017년 12월 31일까지 종전의 법률을 적용한다.

제26조【다른 법률의 개정】
농어촌특별세법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제4조 제3호를 다음과 같이 하고, 같은 조 제8호의2를 삭제한다.
3. 「조세특례제한법」 제6조ㆍ제7조에 따른 중소기업에 대한 세액감면ㆍ특별세액감면 및 「지방세특례제한법」 제58조의3 제1항ㆍ제3항에 따른 세액감면