(1999.12.31 대통령령 제16661호)

제1조【시행일】
이 영은 2000년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제7조 제6항·제63조의3·제64조 제2항 제4호, 제65조 제1항 제6호, 제74조, 제74조의2 내지 제74조의5, 제75조, 제77조, 제77조의2, 제78조 제1항, 제79조 제2항·제3항 및 제79조의2 제1항의 개정규정은 2000년 7월 1일부터 시행하고, 제20조 제2항 제2호의 개정규정은 자유무역지역의 지정 등에 관한 법률의 시행일부터 시행하며, 제20조 제2항 제3호의 개정규정은 국제물류기지육성을 위한 관세자유지역의 지정 및 운영에 관한 법률의 시행일부터 시행한다.

제2조【일반적 적용례】
이 영은 이 영 시행 후 최초로 공급하거나 공급받는 분 또는 수입신고하는 분부터 적용한다.

제3조【창고증권의 양도 등에 관한 적용례】
①제14조의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 발행하는 창고증권부터 적용한다.
②제60조 제1항 제1호의3 및 제70조의3 제5항의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 기한후 과세표준신고서를 제출하는 분부터 적용한다.
③제63조의2 제3항의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 대손이 확정되어 매출세액에서 차감하는 분부터 적용한다.
④제65조 제1항 제6호의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 신고하는 분부터 적용한다.
⑤제82조의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 재화 또는 용역을 공급받고 매출전표 등을 교부받는 분부터 적용한다.

제4조【일반과세자가 과세특례자에게 사업양도를 하는 경우에 관한 특례】
제17조 제2항의 개정규정을 적용함에 있어서 2000년 1월 1일부터 2000년 6월 30일까지 일반과세자가 과세특례자에게 사업을 양도하는 경우에는 이를 재화의 공급으로 본다.

제5조【재고품 등의 매입세액공제에 관한 특례】
①이 영 시행으로 인하여 2000년 7월 1일 간이과세자 또는 과세특례자에서 일반과세자로 변경되는 자가 2000년 6월 30일 현재 보유하던 재고품 및 감가상각자산의 금액에 대하여 사업자가 다음의 방법에 의하여 신고하는 경우에는 제63조의3 제1항의 개정규정 및 동조 제2항의 규정에 불구하고 관할세무서장이 제63조의3 제6항의 규정에 의하여 재고금액을 승인한 것으로 본다.
직전 과세기간의 공급대가 ×재정경제부령이 정하는 간주재고율
②제1항의 규정에 의한 신고를 하고자 하는 사업자는 재정경제부령이 정하는 재고금액승인신고서를 직전과세기간에 대한 확정신고시 관할세무서장에게 제출하여야 한다.
③이 영 시행으로 인하여 2000년 7월 1일 간이과세자 또는 과세특례자에서 일반과세자로 변경되는 자의 2000년 제2기 과세기간에 대한 재고매입세액의 공제에 있어서는 제63조의3 제4항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다.
④2000년 7월 1일 간이과세자 또는 과세특례자에서 일반과세자로 변경되는 자가 2000년 제2기 확정신고시 제1항의 산식에 의하여 계산한 금액에 대한 부가가치세를 공제하여 신고하는 경우에는 제2항의 규정에 불구하고 제1항의 규정에 의한 재고금액을 승인한 것으로 본다. (2000.12.29 신설)

제6조【업종별 부가가치율에 대한 특례】
제74조의3 제4항의 개정규정을 적용함에 있어서 2000년 제2기 과세기간부터 2003년 12월 31일까지는 동 개정규정에 불구하고 다음의 부가가치율을 적용한다.

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   │    구        분    │  제74조의3 제4항 │ 제74조의3 제4항  │

   │                    │   제2호의 업종   │   제3호의 업종   │

   ├──────────┼─────────┼─────────┤

   │2000년 제2기과세기간│   100분의 20     │   100분의 20     │

   ├──────────┼─────────┼─────────┤

   │2001년              │   100분의 22.5   │   100분의 25     │

   ├──────────┼─────────┼─────────┤

   │2002년              │   100분의 25     │   100분의 30     │

   ├──────────┼─────────┼─────────┤

   │2003년              │   100분의 27.5   │   100분의 35     │

   └──────────┴─────────┴─────────┘

제7조【세금계산서 등에 의한 세액공제의 특례】
법 부칙 제4조 제2항 및 법 부칙 제7조 제2항에서 "대통령령이 정하는 부가가치율"이라 함은 이 영 부칙 제6조의 부가가치율을 말한다.

제8조【부동산임대사업장에 관한 경과조치】
①제4조 제4호 바목의 개정규정에 의하여 사업장이 변경되는 사업자는 제11조의 규정에 의하여 사업자등록을 정정하여야 한다.
②금융기관 부실자산 등의 효율적 처리 및 한국자산관리공사의 설립에 관한 법률에 의한 한국자산관리공사가 종전의 규정에 의하여 등록한 부동산 임대사업장이 이 영의 시행으로 인하여 부동산 임대사업장에 해당하지 아니하게 된 경우에는 관할세무서장은 지체없이 당해 등록을 말소하고 그 등록증을 회수하여야 한다.

제9조【조교사의 과세전환에 따른 경과조치】
①제35조 제2호 (사)의 개정규정에 의하여 과세사업자로 전환되는 사업자는 이 영 시행 후 20일 이내에 관할세무서장에게 사업자등록신청 또는 등록정정신고를 하여야 하며, 신청 또는 신고를 받은 관할세무서장은 7일 이내에 사업자등록증을 교부하거나 정정교부하여야 한다.
②제35조 제2호 (사)의 개정규정에 의하여 부가가치세가 과세되는 용역으로서 이 영 시행 후 용역의 공급이 개시된 분 중 당해 용역의 공급시기가 이 영 시행 후 사업자등록증의 교부 전에 도래하는 경우에는 그 공급시기를 2000년 1월 31일로 할 수 있다.