부 칙 (2009.2.4 대통령령 제21307호)

제1조【시행일】
이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제106조의9 제6항의 개정규정은 2009년 4월 1일부터 시행하고, 제106조의9 제1항 및 제7항의 개정규정은 2009년 7월 1일부터 시행하며, 제6조 제5항 제2호의 개정규정은 2010년 1월 1일부터 시행한다.

제2조【일반적 적용례】
① 이 영 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 법률 제9272호 조세특례제한법 일부개정법률(이하 “개정법률”이라 한다) 시행 후 개시하는 과세연도 분부터 적용한다.
② 이 영 중 부가가치세에 관한 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분 또는 재화를 수입신고하는 분부터 적용한다.
③ 이 영 중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
④ 이 영 중 상속세 및 증여세에 관한 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 상속이 개시되거나 증여하는 분부터 적용한다.
⑤ 이 영 중 재산세 및 종합부동산세에 관한 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다.
⑥ 이 영 중 제2장 제10절의3의 동업기업과세특례에 관한 개정규정은 개정법률 시행 후 최초로 동업기업과세특례를 적용받는 분부터 적용한다.

제3조【중소기업의 범위에 관한 적용례】
제2조 제1항의 개정규정은 이 영 시행 후 종료하는 과세연도 분부터 적용한다.

제4조【중소기업에 대한 특별세액감면에 관한 적용례】
제6조 제5항 각 호 외의 부분 단서의 개정규정은 이 영 시행 후 개시하는 과세연도 분부터 적용하고, 제6조 제5항 제2호의 개정규정은 2010년 1월 1일 이후 개시하는 과세연도 분부터 적용한다.

제5조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면에 관한 적용례】
제66조 제11항 및 제12항의 개정규정은 2009년 1월 1일 이후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.

제6조【근로자복지증진을 위한 시설투자에 대한 세액공제에 관한 적용례】
제94조 제2항의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 투자하는 분부터 적용한다.

제7조【간접외국납부세액에 대한 과세특례에 관한 적용례】
제104조의3 제1항 및 제3항의 개정규정은 이 영 시행 후 배당받는 분부터 적용한다.

제8조【전자신고에 대한 세액공제에 관한 적용례】
제104조의5 제5항의 개정규정은 2009년 1월 1일 이후 세무사가 납세자를 대리하여 전자신고하는 분부터 적용한다.

제9조【해운기업에 대한 법인세과세표준 계산특례에 관한 적용례】
① 제104조의7 제2항 제2호 마목의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 선박을 매각하는 분부터 적용한다.
② 제104조의7 제5항의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 과세표준계산특례 적용을 신청하는 분부터 적용한다.

제10조【부가가치세 면제 등에 관한 적용례】
ⓛ 제106조 제4항 제3호의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 계약을 체결하여 공급하는 분부터 적용한다.
② 제106조 제7항 제43호의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 과세표준을 신고하거나 결정 또는 경정하는 분부터 적용한다.

제11조【금거래계좌 개설 등에 관한 적용례】
ⓛ 제106조의9 제2항의 개정규정은 이 영 시행 후 금거래계좌를 사용하는 분부터 적용한다.
② 제106조의9 제3항의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 개설하거나 해지하는 분부터 적용한다.

제12조【관세 등의 면제에 관한 적용례】
① 제116조의5 제3항의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 결정 또는 경정하는 분부터 적용한다.
② 제116조의5 제4항의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 관세 등 면제를 적용받기 시작하는 조세감면 결정분부터 적용한다.

제13조【법인세 등의 추징에 관한 적용례】
제116조의7 제1항 제5호의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 추징하는 분부터 적용한다.

제14조【관세 등의 추징에 관한 적용례】
제116조의8 제1항 제4호의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 추징하는 분부터 적용한다.

제15조【취득세 등의 추징에 관한 적용례】
제116조의9 제3호의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 추징하는 분부터 적용한다.

제16조【수도권과밀억제권역안의 투자에 대한 조세감면배제 등】
제124조 제4항의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 투자하는 분부터 적용한다.

제17조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면에 관한 특례】
제66조 제11항 및 제12항의 개정규정을 적용함에 있어서 2006년 2월 9일 이전에 상속받은 농지가 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」및 그 밖의 법률에 따라 협의매수 또는 수용되는 경우로서 그 농지가 2008년 12월 31일까지 제66조 제12항 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역으로 지정된 경우에는 대통령령 제19329호 조세특례제한법시행령 부칙 제23조에도 불구하고 피상속인이 취득하여 경작한 기간은 상속인이 이를 경작한 기간으로 본다.