부 칙 (2008.12.26 제9272호)

제1조【시행일】
이 법은 2009년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제85조의3, 제89조의2, 제91조의9, 제91조의10, 제100조의3, 제100조의5, 제100조의6, 제100조의11, 제132조, 제133조의 개정규정은 공포한 날부터 시행하고, 제74조 제3항, 제87조의5 제3항ㆍ제4항, 제88조의4 제3항ㆍ제6항, 제89조 제1항 제1호, 제91조 제1항 각 호 외의 부분(주식보유기간에 관한 개정부분은 제외한다), 같은 조 제3항 및 제5항부터 제7항까지, 제91조의2, 제91조의4 제2항ㆍ제3항, 제91조의6, 제91조의8, 제100조의15, 제106조의3 제1항 제3호ㆍ제4항 제2호ㆍ제7항, 제117조 제1항 제3호부터 제6호까지, 같은 항 제10호ㆍ제18호, 제119조 제6항ㆍ제7항, 제120조 제4항 제2호 및 제121조의5 제5항 제3호의 개정규정은 2009년 2월 4일부터 시행한다.

제2조【「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」의 시행일에 따른 특례】
제91조의9 제1항 제1호의 개정규정 중 "「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 증권시장"은 2009년 2월 3일까지는 "「증권거래법」에 따른 유가증권시장 또는 코스닥시장"으로 보고, 제91조의9 제1항 제1호 및 제91조의10 제1항 제1호의 개정규정 중 "「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 투자회사 또는 투자신탁(같은 법 제251조에 따른 보험회사의 특별계정은 제외한다)"은 2009년 2월 3일까지는 각각 "「간접투자자산운용업법」에 따른 투자회사 또는 투자신탁(같은 법 제135조에 따른 보험회사의 특별계정은 제외한다)"으로 보며, 제91조의10 제1항 제1호의 개정규정 중 "주식 또는 수익증권 취득(같은 법 제9조 제7항 및 제9항에 따른 모집 또는 매출의 방법으로 발행한 주식 또는 수익증권의 취득에 한한다)"은 2009년 2월 3일까지는 "주식 또는 수익증권 취득(「증권거래법」제2조 제3항 및 제4항에 따른 모집 또는 매출의 방법으로 발행한 주식 또는 수익증권의 취득에 한한다)"으로 본다.

제3조【일반적 적용례】
① 이 법 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 개시하는 과세연도 분부터 적용한다.
② 이 법 중 부가가치세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분 또는 재화를 수입신고하는 분부터 적용한다.
③ 이 법 중 양도소득세 및 증권거래세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
④ 이 법 중 상속세 및 증여세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 상속이 개시되거나 증여하는 분부터적용한다.
⑤ 이 법 중 개별소비세, 교통ㆍ환경ㆍ에너지세, 교육세 및 주행세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 제조장 또는 보세구역으로부터 반출하거나 수입신고하는 분부터 적용한다.
⑥ 이 법 중 인지세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 과세문서를 작성하는 분부터 적용한다.
⑦ 이 법 중 취득세 및 등록세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 취득 또는 등기하는 분부터 적용한다.
⑧ 이 법 중 관세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 수입신고하는 분부터 적용한다.
⑨ 이 법 중 제10절의3의 동업기업과세특례에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 동업기업과세특례를 적용받는 분부터 적용한다.

제4조【창업중소기업 등에 대한 세액감면에 관한 적용례】
제6조 제3항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 창업하는 분부터 적용한다.

제5조【중소기업창업투자회사 등의 주식양도차익 등에 대한 비과세에 관한 적용례】
제13조의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 출자하는 분부터 적용한다.

제6조【구조조정대상기업에의 출자에 대한 과세특례에 관한 특례】
종전의 제14조 제2항의 기관투자자가 2009년 5월 7일 이전에 「산업발전법」 제15조에 따른 기업구조조정조합을 통하여 같은 법 제14조 제4항에 따른 구조조정대상기업에 출자함으로써 취득하는 주식 또는 출자지분에 대하여는 해당 주식 또는 출자지분의 양도로 인하여 발생하는 양도차익에 대한 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

제7조【중소기업창업투자조합 출자 등에 대한 소득공제에 관한 적용례】
제16조의 개정규정은 이 법 시행 후 출자 또는 투자하는 분부터 적용한다.

제8조【환경보전시설투자에 대한 세액공제에 관한 적용례】
제25조의3 제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 투자하는 분부터 적용한다.

제9조【주식의 현물출자 또는 교환ㆍ이전에 의한 지주회사의 설립 등에 대한 과세특례에 관한 적용례】
제38조의2의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 현물출자 등을 하는 분부터 적용한다.

제10조【기업구조조정전문회사 등에 대한 과세특례에 관한 특례】
제55조 제1항의 개정규정에도 불구하고 기업구조조정전문회사가 직접 또는 기업구조조정조합을 통하여 구조조정대상기업에게 2009년 5월 7일 이전에 출자함으로써 주식 또는 출자지분을 취득하는 경우에는 해당 주식 또는 출자지분의 양도로 인하여 발생하는 양도차익에 대한 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 이 경우 종전의 제55조 제2항을 준용한다.

제11조【기업도시개발사업구역 내 토지 현물출자 등에 대한 법인세 과세특례에 관한 적용례】 제85조의3의 개정규정은 이 법 공포일이 속하는 사업연도에 출자하는 분부터 적용한다.

제12조【선박투자회사의 주주에 대한 과세특례에 관한 적용례】
제87조의5의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 지급받는 배당소득분부터 적용한다.

제13조【노인ㆍ장애인 등의 생계형저축에 대한 비과세 등에 관한 적용례】
제88조의2의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 가입하거나 계약기간을 연장하는 분부터 적용한다.

제14조【세금우대종합저축에 대한 과세특례에 관한 적용례 등】
제89조의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 가입하거나 계약기간을 연장하는 분부터 적용한다. 다만, 이 법 시행 전에 종전의 제89조 제1항에 따라 가입한 세금우대종합저축으로서 계약기간의 만료일이 없는 저축의 이자소득 및 배당소득에 대하여는 제89조 제1항의 개정규정에도 불구하고 2011년 12월 31일까지 종전의 규정에 따른다.

제15조【세금우대자료의 제출 등에 관한 적용례】
제89조의2의 개정규정은 2008년 10월 20일 이후 최초로 가입한 저축분부터 적용한다.

제16조【조합 등 예탁금에 대한 저율과세 등에 관한 적용례】
제89조의3의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 발생하는 소득분부터 적용한다.

제17조【장기보유주식의 배당소득에 대한 소득세비과세 및 원천징수특례에 관한 적용례】
제91조의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 지급받는 배당소득분부터 적용한다.

제18조【사회기반시설투융자회사 주식의 배당소득에 대한 과세특례에 관한 적용례】
제91조의4의 개정규정은 이 법 시행 후 지급받는 배당소득분부터 적용한다.

제19조【장기주식형저축에 대한 소득공제 등에 관한 적용례】
제91조의9 의 개정규정은 2008년 10월 20일 이후 최초로 가입한 저축분부터 적용한다.

제20조【장기회사채형저축에 대한 비과세에 관한 적용례】
제91조의10의 개정규정은 2008년 10월 20일 이후 최초로 가입한 저축분부터 적용한다.

제21조【지방 미분양주택에 대한 과세특례에 관한 적용례】
제98조의2의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.

제22조【농어촌주택 등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례에 관한 적용례】
제99조의4의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 농어촌주택 또는 고향주택을 취득하는 분부터 적용한다.

제23조【근로장려금의 신청자격 등에 관한 적용례】
제100조의3, 제100조의5, 제100조의6 및 제100조의11의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세연도에 귀속되는 소득분부터 적용한다.

제24조【주택건설사업자가 취득한 토지에 대한 과세특례에 관한 적용례】
제104조의19의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다.

제25조【농ㆍ어업용 면세유에 대한 부가가치세 등의 추징에 관한 적용례】
제106조의2 제12항 제3호의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 감면세액을 환급신청하는 분부터 적용한다.

제26조【외국인투자에 대한 법인세 등의 감면에 관한 적용례】
제121조의2의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 조세감면을 신청하는 분부터 적용한다.

제27조【수도권과밀억제권역의 투자에 대한 조세감면배제에 관한 적용례】
제130조의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 투자하는 분부터 적용한다.

제28조【최저한세에 관한 특례】
① 이 법 시행일이 속하는 사업연도는 제132조 제1항의 개정규정에도 불구하고 같은 규정 중 "100분의 13(과세표준이 1천억원 이하 부분은 100분의 10, 중소기업의 경우에는 100분의 7)"은 "100분의 15(과세표준이 1천억원 이하 부분은 100분의 13, 중소기업의 경우에는 100분의 8)"로 한다.
② 이 법 시행 후 1년이 지난 날이 속하는 사업연도는 제132조 제1항의 개정규정에도 불구하고 같은 규정 중 "100분의 13(과세표준이 1천억원 이하 부분은 100분의 10, 중소기업의 경우에는 100분의 7)"은 "100분의 14(과세표준이 1천억원 이하 부분은 100분의 11, 중소기업의 경우에는 100분의 8)"로 한다.
③ 2009년 1월 1일 이후 개시하는 사업연도의 「법인세법」 제63조 제1항에 따른 중간예납세액을 계산할 때 해당 사업연도의 직전사업연도의 최저한세는 제2항에 따른 율을 적용하여 계산하고, 2010년 1월 1일 이후 개시하는 사업연도의 「법인세법」 제63조 제1항에 따른 중간예납세액을 계산할 때에는 해당 사업연도의 직전사업연도의 최저한세는 제132조 제1항의 개정규정을 적용하여 계산한다.

제29조【양도소득세 및 증여세 감면의 종합한도에 관한 적용례】
제133조의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세연도에 최초로 양도하는 분부터 적용한다.

제30조【비거주자 등의 보세구역 물류시설의 재고자산 판매이익에 대한 과세특례에 관한 적용례】
제141조의2의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 소득을 지급하는 분부터 적용한다.

제31조【중소기업창업투자회사 등에의 출자에 대한 과세특례에 관한 경과조치】
이 법 시행 전에 종전의 제14조 제2항에 따라 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분의 양도에 관하여는 제14조 제2항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

제32조【국제선박 양도차익의 손금산입에 관한 경과조치】
이 법 시행 전에 종전의 제23조 제1항에 따라 선박을 양도함으로써 발생한 양도차익의 과세이연에 관하여는 제23조의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

제33조【양도소득세 등의 감면 등에 관한 경과조치】
이 법 시행 전에 종전의 제33조에 따라 사업전환 중소기업이 전환전사업용고정자산을 양도한 경우에 양도소득세에 관한 감면ㆍ과세이연 및 추징 등에 관하여는 종전의 규정에 따른다.

제34조【현물출자에 대한 과세특례에 관한 경과조치】
이 법 시행 전에 종전의 제38조 제1항에 따라 자산을 현물출자함으로써 발생한 양도차익의 과세이연에 관하여는 제38조의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

제35조【기업구조조정의 지원을 위하여 취득한 토지 등의 양도차익에 대한 법인세 과세특례에 관한 경과조치】
이 법 시행 전에 종전의 제43조의2 제1항에 따라 토지 등을 양도함으로써 발생한 양도차익의 익금산입에 관하여는 제43조의2의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

제36조【기업간 주식교환에 대한 과세특례에 관한 경과조치】
이 법 시행 전에 종전의 제46조 제1항에 따라 주식을 양도함으로써 발생하는 양도차익의 과세이연에 관하여는 제46조의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

제37조【신설법인 등의 주식교환에 대한 과세특례에 관한 경과조치】
이 법 시행 전에 종전의 제47조에 따라 주식을 교환하는 경우 현물출자 또는 물적분할 당시 자산의 양도차익에 상당하는 금액의 과세이연에 관하여는 제47조의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

제38조【금융지주회사의 설립 등에 대한 과세특례에 관한 경과조치】
이 법 시행 전에 종전의 제52조의2에 따라 주식을 교환하거나 이전함으로써 발생한 양도차익의 과세이연에 관하여는 제52조의2의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

제39조【기업구조조정증권투자회사 등에 대한 과세특례에 관한 경과조치】
종전의 제54조 제4항의 기업구조조정증권투자회사가 이 법 시행 전에 개시하는 사업연도의 소득에 대한 법인세를 계산할 때 해당 사업연도의 배당에 관하여는 제54조의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

제40조【기업구조조정전문회사 등에 대한 과세특례에 관한 경과조치】
이 법 시행 전에 종전의 제55조 제1항에 따라 구조조정대상기업에게 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분의 양도에 관하여는 제55조의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

제41조【영유아용 기저귀와 분유에 대한 부가가치세 면제에 따른 경과조치】
제106조 제1항 제11호의 개정규정에 의하여 부가가치세 면세사업자로 전환되거나 면세사업이 추가되는 사업자가 이 법 시행 전에 취득한 재화를 부가가치세가 면제되는 사업을 위하여 직접 사용하는 경우에는 「부가가치세법」 제6조 제2항 및 제17조 제5항을 적용하지 아니한다.