부 칙 (2005.12.31 법률 제7839호)

제1조【시행일】
이 법은 2006년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제15조 제3항·제118조 제1항 제1호·동조 동항 제3호 및 제127조 제8항의 개정규정은 공포한 날부터 시행한다.

제2조【일반적 적용례】
① 이 법 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 개시하는 과세연도 분부터 적용한다.
② 이 법 중 부가가치세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분 또는 재화를 수입신고하는 분부터 적용한다.
③ 이 법 중 양도소득세 및 증권거래세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
④ 이 법 중 상속세 및 증여세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 상속이 개시되거나 증여하는 분부터 적용한다.

제3조【중소기업특별세액감면에 관한 적용례】
제7조의 개정규정은 이 법 시행 후 종료하는 과세연도 분부터 적용한다.

제4조【기업의 어음제도 개선을 위한 세액공제에 관한 적용례】
제7조의2 제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 결제·사용 또는 이용하는 분부터 적용한다.

제5조【중소기업창업투자회사 등의 주식양도차익 등에 대한 비과세에 관한 적용례】
제13조 제1항 내지 제3항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 양도하는 주식이나 출자지분 또는 지급받는 배당소득부터 적용한다.

제6조【주식매수선택권에 대한 과세특례에 관한 적용례】
제15조 제3항의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세연도 분부터 적용한다.

제7조【국제선박 양도차익의 손금산입에 관한 적용례】
① 제23조 제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
② 제23조 제3항 후단의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 익금에 산입하는 분부터 적용한다.

제8조【에너지절약시설투자에 대한 세액공제에 관한 적용례】
제25조의2의 개정규정은 이 법 시행 후 투자하는 분부터 적용한다.

제9조【사업전환중소기업에 대한 과세특례에 관한 적용례】
제33조의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 전환전사업의 사업용고정자산을 양도하는 분부터 적용한다.

제10조【중소기업의 금융채무상환 등에 대한 과세특례에 관한 적용례】
① 제34조 제1항 및 제4항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 채무를 면제받거나 면제하는 분부터 적용한다.
② 제34조 제2항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 사업용부동산을 양도하는 분부터 적용한다.

제11조【주식의 현물출자 또는 교환·이전에 의한 지주회사 설립 등에 대한 과세특례에 관한 적용례】
제38조의2의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 주식의 포괄적 이전에 의하여 지주회사를 설립하는 분부터 적용한다.

제12조【중소기업 주주등의 자산 증여에 대한 법인세 등 과세특례에 관한 적용례】
① 제41조 제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 자산을 무상으로 받는 분부터 적용한다.
② 제41조 제2항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 부동산을 양도하는 분부터 적용한다.

제13조【합병에 따른 중복자산의 양도에 대한 과세특례에 관한 적용례】
제47조의4의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 합병(분할합병을 포함한다)하는 분부터 적용한다.

제14조【공장의 대도시외 지역이전에 대한 법인세 과세특례에 관한 적용례】
제60조 제2항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 공장을 이전하는 분부터 적용한다.

제15조【법인본사의 수도권 과밀억제권역 외 지역이전에 대한 법인세 과세특례에 관한 적용례】
제61조 제3항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 법인본사를 이전하는 분부터 적용한다.

제16조【수도권 과밀억제권역 외 지역이전 중소기업에 대한 세액감면에 관한 적용례】
제63조 제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 이전하는 분부터 적용한다.

제17조【법인의 공장 및 본사의 수도권 외의 지역으로의 이전에 대한 임시특별세액감면에 관한 적용례】
제63조의2의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 법인의 공장 또는 본사를 이전하는 분부터 적용한다.

제18조【기부금의 과세특례에 관한 적용례 및 적용특례】
① 제73조의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 개시하는 과세연도에 지출하는 분부터 적용한다.
② 제73조 제1항 각 호 외의 부분 전단의 개정규정을 적용함에 있어서 2006년 12월 31일까지 지출하는 분에 대하여는 제73조 제1항 각 호 외의 부분 전단의 개정규정에 불구하고 동항 각 호 외의 부분 전단에서 규정하고 있는 "100분의 50"을 "100분의 75"로 한다.

제19조【농업협동조합 등에 대한 손금산입 특례에 관한 적용례】
제84조의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 현물출자하는 분부터 적용한다.

제20조【연금저축에 대한 소득공제 등에 관한 적용례】
제86조의2의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 불입하는 분부터 적용한다.

제21조【우리사주조합원 등에 대한 과세특례에 관한 적용례】
제88조의4 제5항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 인출하는 분부터 적용한다.

제22조【세금우대종합저축에 대한 과세특례에 관한 적용례】
제89조의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 가입하는 분부터 적용한다.

제23조【세금우대자료 미제출가산세에 관한 적용례】
제90조의2 제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 제출하는 분부터 적용한다.

제24조【부동산간접투자기구 등에 대한 과세특례에 관한 적용례】
제91조의5의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 발생하는 소득 분부터 적용한다.

제25조【지급조서등에 대한 세액공제에 관한 적용례】
제104조의5의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 지급조서등을 제출하는 분부터 적용한다.

제26조【전자신고에 대한 세액공제에 관한 적용례】
제104조의8의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 전자신고하는 분부터 적용한다.

제27조【해운기업에 대한 법인세 과세표준 계산 특례에 관한 적용례】
제104조의10 제6항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 2사업연도 이상 동조 제1항의 규정에 의한 요건을 위반하는 분부터 적용한다.

제28조【학교시설 운영사업 등에 대한 부가가치세 면제에 관한 적용례】
제106조 제1항 제8호의 개정규정은 이 법 시행 전에 실시협약이 체결된 분(건설이 완료되어 운영 중인 것을 제외한다)에 대하여도 적용한다.

제29조【고속철도 운영자산에 대한 부가가치세 매입세액공제특례에 관한 적용례】
① 제108조의2의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 신고·납부하는 분부터 적용한다.
② 제108조의2의 개정규정에 의하여 매입세액을 공제받고자 하는 경우 2006년 1월 25일까지 사업장 또는 주된 사업장 관할세무서장에게 운영자산과 연도별 매입세액 내역을 신고하여야 한다.

제30조【조세감면결정 효력상실에 관한 적용례】
제121조의2 제13항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 조세감면결정을 받는 분부터 적용한다.

제31조【증자에 대한 조세감면 절차에 관한 적용례】
제121조의4 제4항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 증자하는 분부터 적용한다.

제32조【외국인투자에 대한 감면세액의 추징에 관한 적용례】
제121조의5의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 추징사유가 발생하는 분부터 적용한다.

제33조【지정면세점 면세물품 판매 및 구매한도 조정에 관한 적용례】
제121조의13 제4항 및 제5항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 면세물품을 판매하거나 구입하는 분부터 적용한다.

제34조【신용카드 등 사용금액에 대한 소득공제에 관한 적용례】
제126조의2 제1항의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 신용카드 등 사용금액 연간 합계액의 계산분부터 적용한다.

제35조【중복지원의 배제에 관한 적용례】
제127조 제8항의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세연도 분부터 적용한다.

제36조【양도소득세 감면 종합한도액에 관한 적용특례】
① 제133조의 개정규정 중 농지대토에 대한 양도소득세 감면 종합한도액은 이 법 시행 후 양도하여 대토하는 분부터 적용한다.
② 제133조 제2항 후단의 개정규정을 적용함에 있어서 이 법 시행 전에 제69조의 규정에 의하여 감면받은 세액은 이를 합산하지 아니한다.

제37조【감면세액의 추징에 관한 적용례】
제146조의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 당해 자산을 처분하는 분부터 적용한다.

제38조【고용증대특별세액공제 사후관리에 관한 경과조치】
종전의 제30조의4 제2항의 규정에 의하여 소득세 또는 법인세를 공제받은 내국인이 고용유지제도를 중단하거나 종전의 제도로 복귀하는 경우의 소득세 또는 법인세 납부에 관하여는 제30조의4의 개정규정에 불구하고 종전의 제30조의4 제3항의 규정을 적용한다.

제39조【채무출자전환에 대한 과세특례에 관한 경과조치】
이 법 시행 당시 종전의 제44조 제2항 전단의 규정에 의하여 익금에 산입하지 아니한 출자전환채무면제익의 결손금에의 충당 및 익금산입에 관하여는 종전의 제44조 제2항 후단 및 동조 제4항의 규정에 의한다.

제40조【법인본사의 수도권 외 지역으로의 이전에 대한 임시특별세액감면에 관한 경과조치】
① 이 법 시행 전에 종전의 제63조의2의 규정을 적용받기 위하여 수도권과밀억제권역 안의 본사를 양도·철거·폐쇄 또는 본사 외의 용도로 전환하였거나 수도권과밀억제권역 안의 본사의 양도계약이나 수도권 외 지역본사의 구입계약을 체결한 경우로서 이 법 시행일이 속하는 과세연도 전에 이전하지 아니한 경우에는 제63조의2의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용받을 수 있다.
② 제1항의 규정에 따라 종전의 규정 또는 개정규정의 감면을 적용받는 경우에는 그 중 하나를 선택하여 감면기간 동안 동일한 규정을 계속하여 적용하여야 한다.

제41조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면에 관한 경과조치】
이 법 시행 전에 종전의 제69조 제1항의 규정에 의하여 농업법인이 양수한 5년 이상 자경농지의 양도에 관하여는 제69조 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 제69조 제2항의 규정에 의한다.

제42조【기부금 이월공제기간 단축에 따른 경과조치】
이 법 시행 전에 종전의 제73조 제1항의 규정에 의하여 손금에 산입하지 아니한 기부금의 손금산입에 관하여는 제73조 제4항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다.

제43조【선박투자회사의 주주에 대한 과세특례에 관한 경과조치】
이 법 시행 전에 종전의 제87조의5 제1항의 규정에 의하여 선박투자회사에 출자하여 최초로 취득한 주식의 양도에 관하여는 제87조의5 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다.

제44조【세금우대종합저축에 대한 과세특례에 관한 경과조치】
이 법 시행 전에 종전의 제89조 제1항의 규정에 의하여 가입한 세금우대종합저축에 대하여는 제89조 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다.

제45조【주권상장기업 또는 협회등록기업에 대한 자사주처분손실준비금의 손금산입에 관한 경과조치】
이 법 시행 당시 종전의 제104조의3의 규정에 의하여 손금에 산입한 준비금의 익금산입 등에 관하여는 종전의 규정에 의한다.

제46조【학교시설 운영사업 등에 대한 부가가치세 면제에 따른 경과조치】
제106조 제1항 제8호의 개정규정에 의하여 부가가치세의 면제사업자로 전환되거나 면세사업이 추가되는 사업자가 이 법 시행 전에 취득한 재화를 부가가치세가 면제되는 당해 사업을 위하여 직접 사용하는 경우에는 「부가가치세법」 제6조 제2항 및 제17조 제5항의 규정을 적용하지 아니한다.

제47조【증자에 대한 조세감면신청에 관한 경과조치】
이 법 시행 전에 증자한 분에 대한 조세감면신청기한에 관하여는 제121조의2 제6항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다.