1. 제63조의2, 제72조, 제92조, 제105조 제1항 제3호 라목 및 제106조 제1항 제7호의 개정규정은 이 법을 공포한 날부터 시행한다.

2. 제106조의3의 개정규정은 2005년 4월 1일부터 시행한다.

3. 제55조의2, 제119조 제6항·제7항 및 제120조 제4항 제1호의 개정규정(부동산투자회사에 관한 부분에 한한다)은 2005년 4월 23일부터 시행한다.

4. 제121조의2(기업도시개발구역 및 기업도시개발사업시행자에 관한 부분에 한한다), 제121조의17, 제121조의18 및 제121조의19의 개정규정은 법률 제7310호 기업도시개발특별법의 시행일부터 시행한다.

제2조【중소기업경영컨설팅쿠폰 구매에 대한 세액공제에 관한 적용례】
제5조의3의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 중소기업경영컨설팅쿠폰을 구매하여 지급하는 분부터 적용한다.

제3조【창업중소기업 등에 대한 세액감면에 관한 적용례】
제6조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 창업하는 중소기업부터 적용한다.

제4조【기업의 어음제도개선을 위한 세액공제에 관한 적용례】
제7조의2의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 결제·사용 또는 이용하는 분부터 적용한다.

제5조【투융자손실준비금의 손금산입에 관한 적용례】
제17조의 개정규정은 이 법 시행후 익금에 산입할 사유가 발생하는 분부터 적용한다.

제6조【생산성향상시설투자 등에 대한 세액공제에 관한 적용례】
제24조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 비용이 발생하는 분부터 적용한다.

제7조【환경·안전설비투자 등에 대한 세액공제에 관한 적용례】
제25조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 투자하는 분부터 적용한다.

제8조【에너지절약시설투자에 대한 세액공제에 관한 적용례】
제25조의2의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 투자하는 분부터 적용한다.

제9조【법인의 공장 및 본사의 수도권외의 지역으로의 이전에 대한 임시특별세액감면에 관한 적용례】
제63조의2의 개정규정은 이 법 공포일이 속하는 과세연도에 수도권과밀억제권역안 본사를 수도권외의 지역으로 이전하는 분부터 적용한다.

제10조【조합법인 등에 대한 법인세과세특례에 관한 적용례】
제72조의 개정규정은 이 법 공포일이 속하는 과세연도분부터 적용한다.

제11조【정치자금의 손금산입특례등에 관한 적용례】
제76조의 개정규정은 이 법 시행후 기부하는 분부터 적용한다.

제12조【지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례에 관한 적용례】
제85조의 개정규정은 이 법 시행후 양도소득 과세표준확정신고기한이 도래하는 분부터 적용한다.

제13조【생계형저축 가입대상에 관한 적용례】
제88조의2 제1항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 가입하는 저축분부터 적용한다.

제14조【우리사주조합원 등에 대한 배당소득 비과세 적용례】
제88조의4 제8항 내지 제10항의 개정규정은 이 법 시행후 배당소득을 지급하는 분부터 적용한다.

제15조【세금우대종합저축의 세율인하에 관한 적용례】
제89조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 발생하는 소득분부터 적용한다.

제16조【세금우대저축자료 등의 미제출 가산세에 관한 적용례】
제90조의2의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 가입하는 저축분부터 적용한다.

제17조【복권당첨소득 등에 대한 분리과세 등에 관한 적용례】
제92조의 개정규정은 이 법 공포일이 속하는 과세연도에 당첨되는 분부터 적용한다.

제18조【공동전산망을 이용한 화물운송 위탁시 운송비에 대한 세액공제에 관한 적용례】
제104조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 비용이 발생하는 분부터 적용한다.

제19조【지급조서에 대한 세액공제에 관한 적용례】
제104조의5의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 제출하는 분부터 적용한다.

제20조【부가가치세 전자신고에 대한 세액공제에 관한 적용례】
제104조의8 제2항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 전자신고하는 분부터 적용한다.

제21조【인적회사에 대한 과세특례에 관한 원천징수 적용례】
제104조의11 제2항의 개정규정은 이 법 시행후 과세특례를 적용받은 인적회사가 배당을 지급하는 분부터 적용한다.

제22조【한국철도시설공단에 직접 공급하는 도시철도건설용역에 대한 영세율 적용에 관한 적용례】
제105조 제1항 제3호 라목의 개정규정은 이 법 시행 전에 계약이 체결되어 한국철도시설공단에 직접 건설용역을 공급하는 분부터 적용한다.

제23조【도시철도민간투자사업 시행자에게 직접 공급하는 도시철도건설용역에 대한 영세율 적용에 관한 적용례】
제105조 제1항 제3호 마목의 개정규정은 이 법 시행전에 주무관청과 실시협약을 체결한 사회간접자본시설에대한민간투자법상 사업시행자에 대하여 부가가치세를 결정·경정 또는 다시 경정하는 분부터 적용한다.

제24조【철도시설 국가귀속에 대한 부가가치세 면제에 관한 적용례】
제106조 제1항 제7호의 개정규정은 이 법 공포일이 속하는 과세기간에 철도시설을 국가에 귀속하는 분부터 적용한다.

제25조【일반택시 운송사업자의 부가가치세 납부세액 경감에 관한 적용례】
제106조의4의 개정규정은 이 법 시행후 과세표준신고를 하는 과세기간분부터 적용한다.

제26조【부동산투자회사에 대한 등록세 및 취득세의 면제에 관한 적용례】
제119조 제6항·제7항 및 제120조 제4항 제1호의 개정규정(부동산투자회사와 관련된 부분에 한한다)은 2005년 4월 23일 이후 등기하거나 취득하는 분부터 적용한다.

제27조【외국인투자에 대한 법인세 등의 감면 등에 관한 적용례】
① 제121조의2(기업도시개발구역 및 기업도시개발사업시행자에 관한 부분을 제외한다) 및 제121조의3의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 외국인투자신고를 하는 분부터 적용한다. 다만, 외국인투자촉진법 제18조 제1항 제1호의 규정에 의한 외국인투자지역에 이미 입주해 있는 외국인투자기업에 대해서는 이 법 시행후 증자를 하기 위하여 외국인투자의 신고를 하는 분부터 적용한다.
② 제121조의2(기업도시개발구역 및 기업도시개발사업시행자에 관한 부분에 한한다)의 개정규정은 법률 제7310호 기업도시개발특별법 시행후 외국인투자신고를 하는 분부터 적용한다.

제28조【조세의 추징에 관한 적용례】
제121조의5의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 외국인투자신고를 하는 분부터 적용한다.

제29조【신용카드 등 사용금액에 대한 소득공제에 대한 적용례】
제126조의2의 개정규정은 2004년 12월 1일 이후 신용카드 등을 사용하는 분부터 적용한다. 다만, 현금영수증 사용분은 2005년 1월 1일 이후 사용하는 분부터 적용한다.

제30조【추계과세시 등의 감면배제에 관한 적용례】
제128조 제3항의 개정규정은 이 법 시행후 수정신고하는 분부터 적용한다.

제31조【수도권 과밀억제권역안의 투자에 대한 조세감면배제에 관한 적용례】
제130조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 투자하는 분부터 적용한다.

제32조【감면세액의 추징에 관한 적용례】
제146조의 개정규정은 이 법 시행후 처분하는 분부터 적용한다.

제33조【일반적 적용례】
① 이 법중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 개시하는 과세연도분부터 적용한다.
② 이 법중 부가가치세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분 또는 재화를 수입신고하는 분부터 적용한다.
③ 이 법중 인지세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 과세문서를 작성하는 분부터 적용한다.
④ 이 법중 양도소득세 및 증권거래세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
⑤ 이 법중 상속세 및 증여세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 상속이 개시되거나 증여하는 분부터 적용한다.
⑥ 이 법중 등록세·취득세·재산세 및 종합토지세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 등기하거나 취득하는 분부터 적용한다.
⑦ 이 법중 특별소비세 및 교통세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 과세물품을 제조장에서 반출하거나 수입신고하는 분 또는 입장행위를 하는 분부터 적용한다.

제34조【법인본사의 수도권외 지역으로의 이전에 대한 임시특별세액감면에 관한 경과조치】
① 이 법 공포일이 속하는 과세연도 전에 종전의 제63조의2의 규정을 적용받기 위하여 수도권과밀억제권역안의 본사를 수도권외의 지역으로 이전한 법인의 경우에는 제63조의2의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다.
② 이 법 공포일이 속하는 과세연도 전에 종전의 제63조의2의 규정을 적용받기 위하여 수도권과밀억제권역안 본사를 양도·철거·폐쇄 또는 본사외의 용도로 전환하였거나 수도권과밀억제권역안 본사의 양도계약이나 수도권외지역 본사의 구입계약을 체결한 경우로서 이 법 공포일이 속하는 과세연도 전에 이전하지 아니한 경우에는 제63조의2의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용받을 수 있다.
③ 이 법 공포일이 속하는 과세연도에 종전의 제63조의2의 규정을 적용받기 위하여 이전한 경우 또는 수도권과밀억제권역안의 본사를 양도·철거·폐쇄 또는 본사외의 용도로 전환한 경우, 수도권과밀억제권역안 본사의 양도계약이나 수도권외지역 본사의 구입계약을 체결한 경우 등 실질적으로 지방이전에 착수한 경우에는 제63조의2의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용받을 수 있다.
④ 제2항 또는 제3항의 규정에 따라 종전의 규정 또는 개정규정의 감면을 적용받는 경우에는 그 중 하나를 선택하여 감면기간동안 동일한 규정을 계속하여 적용하여야 한다.